并购后的企业整合是决定并购能否成功的关键。由于文化差异、法律法规差异以及管理问题，导致企业并购后难以整合最终失败的案例很多。比如T C L对法国汤姆逊公司彩电业务的收购，最终由于企业文化和管理方式难以融合，致使收购失败，对T C L未来发展造成极大负面影响；上海汽车对韩国第五大汽车厂商双龙汽车的收购，主要为得到对方的SU V技术，当2006年上汽有意和双龙合作开发SU V车型时，双龙工会却向韩国司法当局举报中国人要“偷”本国技术，从而引起韩国检察院的调查和劳资纠纷，最终导致收购失败。
近年来，我国企业虽然有较强的跨国并购意愿，但经常受到不公正待遇，以美国为代表的发达国家通过国家安全审查等多种手段阻挠我国企业在资源性及其他“敏感”技术领域的并购。比如，2010年华为在参加收购2W ire及摩托罗拉无线设备部门的两起竞购案中，虽然报价均远高于对手公司，但都被美国以安全名义排除在外；2011年，华为在并购美国3LeafSystem过程中，被美国要求剥离收购对象中的科技资产；三一重工在美关联公司收购风电场也被以影响国家安全名义阻挡。
2012年1月，法国成立了11个委员会，对包括汽车、航空航天、海军和铁路运输、奢侈品、消费者行业、科技、医疗和可再生能源等核心产业进行监督。意大利也将仿效法国，在能源、电信、科技、防务和食品等行业就挫败不受欢迎的外国并购案进行讨论……这些国家对市场经济行为的干预，造成我国企业通过并购获取核心技术和知识产权面临阻碍。
当前，跨国并购作为我国实现技术进步重要途径的作用日益显著，但由于对通过并购实现技术引进或技术集成获得技术突破的路径缺乏有效引导，使之难以发挥推动我国科技创新的有效作用。