促使厂商停产的另一主要原因是：原料药短缺。原料药指用于生产各类制剂的原料药物，是制剂中的有效成分，原料药只有加工成为药物制剂，才能成为可供临床应用的医药。世贸天阶制药(江苏)有限责任公司销售部人员认为，正是因为原料药价格一直上涨，该企业从今年初开始停产，如果原料药价格下降，可能会继续组织生产。
广东华南药业集团有限公司的情况也是一样，该企业停产甲巯咪唑已经两年。“有客户问我们要这种药，但因为买不到原料药所以没法生产。”公司一位袁姓经理告诉 《中国经济周刊》。
国内仅有3家北京的企业具有生产甲巯咪唑原料药的资格，分别是同济达药业、太洋药业和北卫药业。目前，除同济达药业答复《中国经济周刊》“正在抓紧筹备原料药，预计很快恢复生产”外，其他两家均表示已经从几年前不再生产原料药。其中北卫药业明确表示，是因为环保问题而停产两年左右。
原料药生产的上游属于化工行业，容易因环保压力而被迫停产。“比如你一个月生产了过多药品品种以致排污过多，企业必然会按照利润贡献度来削减生产品种来减排，那甲巯咪唑恰好就因利润低被削减。”某业内人士对《中国经济周刊》谈道。
此外，生产原料药的企业需取得GMP认证，而这需要企业投入大量资金对厂房设施、生产环境等进行改造提升。而如果原料药厂觉得生产上“不经济”，5年认证期满后可能就不再申请GMP认证。
廉价药生产应获扶持
“随着各种费用的上涨，利润薄导致各家厂商停产，国家应把那些疗效好的廉价药物作为公共产品，对生产厂商进行适当的补助扶持。”施秉银告诉《中国经济周刊》，“希望医药监管部门能够把物美价廉的基本药物保留下来，在按照市场的正确规律规范药价的同时，多为老百姓解决看病问题。”
针对目前甲亢患者反映的缺药问题，国家食品药品监管总局7月3日通过新浪实名认证微博转发消息称：“国家卫计委近期会同国家食药监总局、国家发改委等相关单位研究解决甲巯咪唑短缺问题，决定由北京药监局牵头落实原料供应与生产，预计10日内可向国内市场供应1800万片(5mg)，20日内供应6000万片以缓解临床供需矛盾。”。
北京市药监局对《中国经济周刊》表示，已经在保质保量地加急生产，等药品完成投放市场时会告诉公众。
尽管如此，一些业内人士对于监管部门的迟缓反应并不满意，“管理监管部门对市场流通的品种应该有很好了解，在他巴唑缺货这么严重和大家呼吁这么久后才有行动。”有人士对《中国经济周刊》抱怨说。
7月16日，燕京药业有限公司生产部负责人对《中国经济周刊》表示：该厂已经陆续生产成品，“原料药由同济达供应，同济达会继续做原料药的业务，他巴唑上市只不过是一个时间问题”。