然而，形成方案仅仅是新一轮“大部制”改革的开始，未来改革能否成功，并最终实现政府职能转变，仍面临诸多挑战。
“无论是现有大部门的完善，还是新大部门的增设，都应从外延式转轨到内涵式，否则就会成为五年一次的新瓶装旧酒。”中国行政管理协会副秘书长沈荣华表示：“如果行政管理体制内部存在的深层次问题依然没有解决，那(‘大部制’改革)就毫无意义了。”
民政扩权
据《财经》记者了解，此轮“大部制”改革中，一向冷门的民政部将会扩充职权，其社会组织管理、社会建设职能将被强化，并成为新亮点。
在之前的历次国务院机构改革中，民政部始终没有进行大的调整，其基本职能亦变动不大。
1988年和1993年国务院两次机构改革都确定，“民政部是国务院主管社会行政事务的职能部门”。1998年的“大部制”改革中，民政部的职能定位得以延续，但在政府部门序列上将其列入“国家政务部门”，以进一步加强它的行政管理职能。同时，民政部的部分权限也得到调整。比如，农村社会养老保险职能被划出，并入当时的劳动和社会保障部；承接民办非企业单位登记管理、抗灾救灾、退伍军人和离退休干部安置、勘界等职能。此后，民政部职能再无大规模调整。
目前，除社会组织管理外，民政部承担的优抚、救灾、社会救助、社会福利、婚姻、殡葬管理等职能，多为国家对社会底层的救助帮扶，职能较为局限。
近十年来，社会建设被提到重要地位。十八大报告中更明确指出，加强社会建设要在改善民生和创新社会管理的进程中实现。而在社会管理创新中，对社会组织管理的改革是重要内容。2006年10月召开的中共十六届六中全会中，“民间组织”的表述首次变更为“社会组织”，具体包括社会团体、基金会、民办非企业单位三类，其登记管理职能归属民政部门。
长期以来，中国对社会组织实行登记管理与业务主管单位的“双重管理”，即在民政部门登记注册之前，社会组织须找到一个政府部门或其下属机构充当“业务主管单位”。这造成大量草根组织无法注册，游离在灰色地带。而登记在册的社会组织，多和政府部门有千丝万缕联系，部分异化为“二政府”，代为行使行政职能，甚至成为腐败重灾区。
民政部民间组织管理局副局长杨岳曾对《财经》记者表示，目前一些行业协会已沦为政府部门的“小金库”，政府部门不便收的钱由协会收，又回流到政府部门，从全国性行业协会到地方性行业协会概莫能外，以致中纪委把行业协会列为治理腐败的重点领域。
由于“双重管理”，不少全国性社会组织的实际管辖权分散于各部委，民政部门缺乏有效监管手段，只能在登记注册时进行资格审查，日常监管主要依靠年检，且往往流于形式。
民政部民间组织管理局内部人士对《财经》记者表示，此次“大部制”改革中，强化民政对社会组织的管理权，废除被诟病已久的“双重管理”，是最有可能的方向。
实际上，在此前的修法进程中，这一方向已露端倪。2011年3月，《基金会管理条例(修订草案送审稿)》中，即已明确基金会不再需要业务主管单位，民政部门成为唯一的登记管理机关，原有的分散管理模式向集中管理过渡。后来这一草案送审稿虽未公开征求意见，但了解修法进程的人士称，民政部门扩大监管权已成必然。
《基金会管理条例(修订草案送审稿)》中增加了大量对民政部门的授权条款。比如，登记管理机关履行监督检查职责时，可以采取现场检查、调查取证，以及查阅复印有关文件、证照、账簿、电子数据等方式，并可根据需要对印章和有关资料临时封存。