经贸审计科 负责对本级经贸部门及所属的重点国有企业、国有资产占控股地位、主导地位企业的财务收支和效益进行审计；组织并参与对经贸系统开展行业审计、专项资金审计和专题审计调查；组织对内部审计的指导监督和管理。
农业与资源环保审计科 负责审计市级农业、林业、水利、环保、乡镇企业等部门及下属单位的财务收支；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的农林水利、扶贫开发、资源环境资金的筹集、管理、使用情况；负责审计县区人民政府管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；依据授权对国际组织和外国政府贷款、授助和赠款项目的财务收支审计；开展专项审计和审计调查。 徐丹红
固定资产投资审计科 负责对重点建设项目预算（概算）执行情况和竣工决算的审计监督；负责对市国有施工企业、房地产开发企业的资产、负债、损益的真实、合法和效益进行审计监督；负责审计市城建部门及其直属单位的财务收支；开展专项审计和审计调查。 王代军
内审中心 负责组织全市内部审计机构、人员贯彻落实和执行内部审计准则、工作规则、职业道德规范和其他内部审计业务规章制度，并监督检查实施情况；对内部审计工作进行调查研究，制定全市内部审计工作规划和措施，并组织落实；组织内部审计人员业务培训、资格证书的申报和发证，组织内部审计人员参加CIA考试；制定内部审计计划，填报统计表，负责内部审计业务咨询、宣传等
审计处办公室 负责审计处理政务事务工作，督促检查审计处工作制度的落实；负责编制审计处审计工作计划，审计报表、汇制审计成果；负责草拟、修改重要文件，办理审计处日常政务和信访接待；管理文档资料和文件的收发、传递以及本处印鉴的管理使用和保密工作；负责人事、劳资、干部考核、干部培训以及安全、保卫后勤服务管理工作。
审计处一科 依据省审计厅授权对中、省驻商的工商行政管理、技术监督、疗养院、商洛师专、征稽系统等行政事业单位财务收支进行审计；开展专项审计和审计调查。
审计处二科 依据省审计厅授权对中、省驻商的公路系统、药材系统、新洛砖厂、农电、新华书店系统等企业财务收支和效益进行审计；开展专项审计和审计调查。