机关科室：
1 办公室 ：
检查是职能分工 ： 负责行业党风廉政建设、纪检信访举报、党委日常办公和党建党务、班子调整、干部选拨任用监督与行风建设等工作。对口时监察局、厅监察室、联系市直机关工委。
局办公室职能分工：负责全局政务、人事、财务、劳资、职改、安全保卫等工作；负责年度目标责任考核、政务信息的审核把关和对外发布；具体负责文秘、公文管理、办公自动化、机要、保密、档案、局机关财务、精神文明建设、资产管理、老干部、信访、后勤接待、车辆管理及事务性管理工作；负责统一协调办理全局督办、人大议案、政协提案的办理工作。负责政务工开、电子政务、信息宣传、文明单位创建、党组日常办公。对口市委办、市政府办、市文明办、厅办公室、人教处、宣传处、公安处、信息宣传中心。
2 防汛抗旱：负责组织、协调、监督、指导全市河道、受苦管理及沙石管理费征收上解工作；贬值病险水库治理规划，负责除险加固项目建议书、可行性研究报告及初步设计方案的初审及建设管理和指导，负责工程建设管理工作；贯彻实施国家关于防汛、抗旱等方面的法律法规；拟定全市防汛抗旱工作的长远规划和实施计划；组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱减灾工作；组织编制商州城区度汛预案、审查县区城市度汛预案、审批水库、江河、集镇度汛预案；审查堤防工程、水毁工程建设计划、项目建议书及可行性研究报告，并负责建设管理和指导；编制防汛通讯网络规划，负责组织实施和管理工作；参与审查全市河道、堤防工程的规划、水库治理、除险加固工程计划、项目建议书、可行性研究报告、初步设计；指导县区防汛抗旱办公室工作，负责汛期值班，做好全市水情、汛情、雨情、旱情等信息的收集、分析、传递和管理；争取和管理防汛抗旱资金；负责水务信息等网络管理工作。对口省防总办、河库处、信息中心、水文局。
3 河库处职能分工:负责商洛市规划城区段河流及各支沟河道入汇口段500米内的开发、利用、保护工作；负责组织、协调、管理市区河道、二龙山水库管理区内的砂石开采管理工作；及时调解和处理河道、水库管辖范围内水事纠纷和组织实施河道、水库、堤防的绿化美化工作；负责全市水库移民工作；重点负责丹江河道城区段橡胶坝及水面、树木、护栏、路灯等设施和二龙山水库的管理、二龙二级电站、二龙东渠灌溉总站、丹江河道管理站四个单位的管理工作。对口厅河库处、移民办。
4 水管科职能分工:统筹负责水务系统各项改革工作，研究提出改革的意见和建议；负责基层水务服务体系建设和灌溉工程建后管理；联系农业综合开发中的水务工作。对口厅体改办、农水处。
5 水资办（节约用水管理办公室）职能分工:负责全市水资源管理、配置、节约和保护工作。组织指导水资源调查、评价和监测工作，组织编制水资源专业规划并监督实施；组织实施全市水资源论证审查工作，依法征收管理水资源费；指导水资源信息发布，组织编制我市水资源公报和水质旬报。负责全市水资源优化配置工作，组织指导全市计划用水、节约用水、城乡供水的水源规划及县城自来水公司日常业务管理工作。组织编制水资源保护规划，组织审定江河湖库纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责全市及省界水质监督、监测和入河排污口设置管理工作。组织指导全市地下水资源开发利用和保护工作。对口厅水资源与科技管理处、省地下水管理监测局。
6 农村水利
水电办职能分工：负责全市水能资源的规划、开发与水电建设管理工作；负责小水电以电代燃料工作。在计划科的协调下开展工作。对口厅水电处。
饮水办职能分工：负责全市农村饮水工程项目规划、年度计划编制、项目审查、审批等前期管理及建设管理工作,承担农村供水各类信息报送，负责县城供水工程建设。对口厅供水处。