不过杰克·萨利如果要加入Na'vi族人对抗人类入侵者的战争，要付出很大的代价：他不能永远呆在“化身”中，当“化身”——克隆Na'vi人睡觉时，他就会回到自己半身不遂的人类身体中，只有通过专门的连接设备才能重新回到“化身”中。一旦与自己的同胞为敌，他就失去了与“化身”结合的可能，只能困在残疾的身体里，并失去那个他越来越喜欢的Na'vi女孩。
最后，人类在利益的驱动下，派遣了战机去摧毁Na'vi族人所生存的一棵巨树，尽管杰克等人一再争取希望可以不要那么做，但是采矿公司还是决意要去摧毁。杰克与他们协商，自己去和Na'vi族人交涉，让他们离开那颗大树，然而当他说明了一切之后，Na'vi族人都很愤怒，特别是杰克喜欢的那个Na'vi族人女孩也是很愤怒，Na'vi族人就把杰克和一名女教授一起捆在了刑架上了。采矿公司派遣的战机发现他们协商失败了。于是就下令开火，摧毁了他们前进的障碍——Na'vi族人赖以生存的那棵巨树，Na'vi族人的领袖也被炮火炸死。
没有了生存之地的Na'vi族人被迫暂居神树之下。而杰克等人的正义行为因为和采矿公司的利益相冲，被他们关了起来。后来，他们借机驾机逃跑了，杰克骑着“魅影”到达了Na'vi族人暂居的神树下，呼吁Na'vi族人作出反抗，他终于又得到Na'vi族人的信任。在他的呼吁下，他们联络了潘多拉星球上了其他民族的人，一起组建了一支几千人的反抗军，形成了陆空两路的防线。采矿公司的军队也发现了Na'vi族人的反抗迹象，他们迅速装填了大量的高烈性炸药，准备提前消灭Na'vi族人。于是，Na'vi族人的反抗联盟和采矿公司的军队展开了血战，结果，Na'vi族人反抗军最终打败了人类，而人类的军队指挥也被杀死，Na'vi族人在杰克的帮助下，将遣送采矿公司全部离开潘多拉星球。在Na'vi的精神领袖的带领下，Na'vi族人用自己的感受器（辫子）与神树相连，借助神树的力量，将杰克·萨利的精神（灵魂）转移到他的阿凡达身上，杰克最终成为了这个星上Na'vi人的领袖。故事到这里就结束了。