地市报业发展的不平衡性。从全国层面看，经济发达的地区，地市报业发展水平高，日报每天出到对开十几版、二十几版、三四十版甚至上百版。在大部分欠发达地区地市报的发行量大都只有万把份、二三万份，版面大都为对开4版或4开4版，其影响力受到严重制约。同时，在欠发达地区，报纸的品种比较单一。
人才流失严重。欠发达地区报社比较冒尖的人才，往往被大城市的都市报或沿海城市的报社"吸走"了，造成一部分市级报纸人才结构不合理，年轻有本事的跑了，剩下的大都年纪偏大，队伍严重老化。报业经营管理人才更缺。有的报社一年的广告经营收入只有二三万元，当地经济发展水平低是主要原因，缺乏经营人才，不善经营也是一个重要方面。
报业经济结构单一，风险性大。西部地区的报社基本上都依赖于广告收入，这也是造成报业发展水平低的一个重要原因。东部发达地区，报业经济结构单一、抗风险能力低的情况也不同程度地存在。以浙江省为例，全省报社每年经济收入在22亿元左右，除了广告与发行，其他经营收入只有3亿元左右，只占全省报业经济的1/7。过于单一的报业经济在市场竞争中是很脆弱的，房产、医药广告和纸张市场稍有风吹草动，报业经济就会"感冒"。这种"靠天吃饭"的模式，是地市报发展的一大隐患。
报业体制改革不够深入、不够彻底。即使在东部发达地区，以人事制度、干部制度、分配制度为主要内容的体制改革也远远滞后于企事业单位。一是报业体制的转换，即使是改革试点单位也很难做彻底，造成地市报社队伍懒散，管理乏力，观念落后，效率低下。二是未能真正建立起适应市场的党委领导下的法人治理结构，实现国有资产的授权经营，使报社能独立地面对激烈竞争的市场，真正激活微观主体。
在改革发展过程中政策层面存在的问题
报业文化体制改革与政府原有政策不配套。浙江省一家报社的印务中心是省文化体制改革试点单位，其引入民营经济成功改制的经验被中央文改办转发全国。运行中，碰到了一个没想到的问题：报社拿出来合资的资产--印刷机原来是免税进口的。合资后，海关来查了，说它的免税期没有到，合资办厂等于偷逃关税。印刷机的免税额是很大的，这个事很严重。后来市委领导出面协调，解决起来仍很困难。人事制度的改革困难更大。改革中，总有一部分员工面对优胜劣汰是要下岗的。可是，员工在这个改革单位干得不好下岗了，但在其他单位则不会下岗，不会不合格，因为混日子的地方还是有的。还有，中央规定文化体制改革试点单位的免税问题，一些地市政府部门不执行。
地市报的发展与生存空间受到不同层面的挤压，恶化了地市报的生存环境。主要是受到国家机关与大的传媒集团跨地区办报、发行以及省报集团在地市所办报纸的挤压比较严重。全国性报社与省报所办的都市类报纸，版面多，销售价格低，对地市报在发行、广告、新闻等方面都构成了挑战，分吃了地市报的"蛋糕"。为应对恶性竞争，地市报不得不大量"烧钱"，降低报纸发行价格、广告价格，扩招新闻采编人员，地市报的利润越来越薄，有的甚至陷入严重亏损的局面。
报刊管理上存在的问题。如浙江的绍兴、金华、台州、衢州等地区报社都反映有些广播电视报违规做新闻，尤其是刊登低俗新闻和违规刊登低价广告，严重扰乱了当地的广告市场。而当地职能部门往往只盯日报、晚报等地市党报与都市报，对广电报出现的违规问题不大管。一些非本省报社在地市报所在城市办的报纸在新闻刊发、报刊发行等方面出现的违规问题时有发生，但当地管理部门管不了，造成同城媒体"生存待遇"不同，导致竞争中的不公平、不对等，使地市报处于弱势地位。