1990年，阿瓦基扬茨作为中级军官培养对象，被送到总参军事学院进修。1991年毕业后，他回到“乌斯季诺夫元帅”号巡洋舰担任舰长。当时俄罗斯与乌克兰就黑海舰队归属展开争斗，阿瓦基扬茨带领全舰官兵坚决站在俄罗斯一方，他亲自带领水兵，操起AKS-74U冲锋枪守在武器库外，防止乌克兰军人武力进攻。据说为了保住军舰，阿瓦基扬茨和广大俄罗斯军人不惜放弃在苏联时期分配给自己的乌克兰基地住房，对他们来说：“军舰才是‘海上之家’。”正是这场“政治站队”，让阿瓦基扬茨获得俄国防部乃至克里姆林宫的好评。2001年，阿瓦基扬茨被任命为第43导弹舰支队长，由于工作突出，2007年9月被提升为太平洋舰队滨海区舰队司令，2010年8月25日又被提升为太平洋舰队第一副司令兼参谋长。
2011年8至9月，俄太平洋舰队在远东堪察加半岛举行大规模演习，结果暴露许多问题，现场观摩的记者发现抢滩登陆的战车中途“趴窝”，舰队装备老化严重，导弹屡射屡败……由于舰队司令西坚科先前高升为东方司令部司令，所以演习后的整顿工作完全由阿瓦基扬茨负责。他采取一系列措施，调整因过去几年激进的编制改革所造成的部队人心浮动，尤其是改革配套福利如住房等关系官兵切身利益的问题，使一大批有经验的军官放弃了退伍念头，年轻的军士和士兵的训练也得到加强。
专家指出，未来几年将是俄太平洋舰队能否东山再起的关键时期。因为北极的海冰正在融化，由此开辟的北冰洋船运航线能够极大地缩短欧洲和亚洲之间的航程；而北极的新能源和各种资源也显露出诱人的前景；以上种种都意味着地处高纬度的俄太平洋舰队面临新的机遇和挑战。为保护和增进在北冰洋的商业利益，莫斯科肯定要加强太平洋舰队。事实上，俄政府公布了雄心勃勃的海军发展计划，耗资1600亿美元，在2020年前建造36艘新潜艇和40艘水面战舰，其中一半配属太平洋舰队。
未来以符拉迪沃斯托克为基地的新驱逐舰、护卫舰和两栖登陆舰将让俄罗斯海军能够更好地监控北冰洋船运航线，同时母港设在堪察加半岛上的彼得罗巴甫洛夫斯克的核潜艇将能迅速出入太平洋海域。
不过，也有人担心阿瓦基扬茨能否指挥一支全新武装起来的太平洋舰队，因为有同事抱怨“这位新司令员缺乏领导大型海上作战集群的经验，另外他应对政治和军事形势及指挥大型军事演习的经验也不足”。不管怎样，时间将是检验阿瓦基扬茨个人能力的最佳评委。（新民晚报）