２０１２年，撒哈拉以南非洲地区的安全形势愈趋复杂。东非、西非恐怖主义威胁加剧，一些国家治安形势急剧恶化，国家内部冲突和邻国间冲突频发，海盗活动在新的地区出现。复杂的安全形势无疑为曾饱受战乱之苦的非洲的未来蒙上了一层阴影。
恐怖主义威胁加剧
北非地区的局势从去年开始一直动荡不止，基地组织及其北非分支等极端势力趁机在该地区大肆扩张，并逐渐向南渗透。西非的马里和东非的索马里及其附近区域的恐怖主义威胁逐渐加剧，从非洲西北部萨赫勒地区到北非再延伸到东非的“不稳定之弧”正逐渐形成。
地处西非的马里东北部和尼日尔、阿尔及利亚接壤，属于萨赫勒地区的一部分。由于政府军缺乏控制力，近年来马里北部已成为恐怖主义的避风港。在马里北部活动的恐怖主义组织走私毒品、武器，贩卖人口，甚至破坏当地著名历史遗产。虽然国际社会一致谴责这些恐怖主义组织，并计划派出国际维和力量进行武装干预，但相关各方至今仍未达成实质协议，何时出兵仍未有期。
而在大陆另一端的东非，长期盘踞索马里的索马里青年党仍然威胁着东非的安全。所幸国际社会采取军事行动对索马里青年党进行了严厉打击，并支持索马里进行了首次大选，选出了总统和议会。然而，在今年下半年被逐出摩加迪沙和基斯马尤等战略重镇后，索马里青年党化整为零继续抵抗，部分成员还渗透到邻国肯尼亚进行报复袭击。仅肯尼亚首都内罗毕和重要港口城市蒙巴萨就发生多起爆炸袭击事件，一些外国游客和人道救援人员甚至遭到绑架。
除了“不稳定之弧”的两端，靠近中部非洲的尼日利亚今年也饱受恐怖组织的袭扰。宗教极端组织“博科圣地”今年发动了多起针对尼日利亚平民的恐怖袭击，极大地影响了尼日利亚北部的安全局势。据统计，今年前９个月，至少有８１５人在“博科圣地”发起的２７５起恐怖袭击中丧生，死亡人数比前两年的总和还多。
更令人担忧的是，马里的“伊斯兰马格里布基地组织”与索马里青年党、“博科圣地”组织相互联系的趋势愈发明显。据报道，“博科圣地”近年来的发展壮大，与“伊斯兰马格里布基地组织”的援助和培训有很大关系。
部族传统冲突恶化
非洲曾受西方国家殖民统治多年，殖民统治留下的后遗症至今依然存在。西方国家随意划分边境，造成同一部族分属多国、有世仇的部族同属一国的情况，使非洲多年来一直无法平息部族冲突。
今年，较大的部族冲突在刚果（金）、肯尼亚和马达加斯加都有发生。其中刚果（金）与卢旺达之间的图西族——胡图族矛盾演变成了刚果（金）政府军与叛军之间的武装冲突。在刚果（金）境内的图西族武装曾和政府达成协议，接受收编。今年由于政局变化，图西族武装于４月发生哗变，自称“３月２３日运动”（Ｍ２３）。Ｍ２３叛军在和刚果（金）政府军对抗中并不落下风，今年１１月甚至攻占了北基武省重镇戈马。此次由部族冲突演变而来的军事冲突导致大量难民流离失所。虽然Ｍ２３叛军已经撤离戈马，但冲突的根本解决仍然遥遥无期。
在东非的马达加斯加和肯尼亚，部族冲突更多是以争抢水源和牲畜为目的。今年８月底，马达加斯南部地区曾因偷牛引发冲突，导致百余人死亡。同样在８月，肯尼亚东南塔纳河流域发生了持续一个月的部族冲突，造成１１８人死亡，１万多人无家可归。部落冲突数百年来在非洲从未停息，而当双方使用的武器从大刀长矛变成冲锋枪手榴弹之后，后果就更加严重。
宗教冲突和海盗问题依旧