这次回家，晏安澜还将一点美国小麦交付县城农户试种。原来，他在海关检查时发现新的麦种，便抓了一些塞到靴子中。交家乡试种后，这个品种穗大粒圆产量高，被农户争着换种，便逐年普及了，这就是上世纪五十年代前镇安广泛种植的“蚂蚁蛋”麦。
治理川盐功不朽
辛亥革命胜利后，四川社会动荡不安，中央政府大员“畏蜀如虎”。晏安澜难辞民国政府聘请，便出任四川盐运使。行前，总统袁世凯特派兵士一连护卫他入川。民国二年(1912)十一月，晏冒雪南下，至春节时扺沙市，顾不上休息立即登船溯长江而上，经巫峡时又两次遇险，都没有动摇他履职的决心。就任泸州盐运使总署后，他首先深入数百个盐场及数十个川盐销售厂岸考察。
晏安澜在各盐场巡视时，为避免官员迎送，经常在暮色或晨曦中赶路。一次从云阳盐场到奉节去，天未亮就通知属员启程，有人提出天亮再走，他说：“何必为送我一人而让很多人劳神呢?”当送他的人赶来时，晏安澜已乘船走得很远了。怀着崇敬心情的人们，在江边放了许多鞭炮，对他表达敬意。
晏安澜在考察中，发现川盐资源十分丰富，但盐井分散，大厂对小厂垄断现象严重，小厂数百万盐工工钱低微生计困难，造成有的盐产积压，有的高价坑民，诸多地方道路阻塞，民众吃不起盐、买不到盐。晏安澜以执掌清廷盐务的丰富阅历，认识到川盐与淮北盐池及沿海滩盐不同，必须革敝兴利进行改革。于是，他根据实际情况创新制定出《四川盐务厂岸总公司章程》，规范管理18个川盐专卖公司，疏通川盐对川、鄂、湘、黔、陕等地的供应渠道，实行产、运、销并重，即设公垣集中散盐，设运盐公司负责专卖;改官运为商运，以期达到“产有所归，近无积盐，远无淡食”之目的。这种新法的推行，使四川盐务面貌一新，厂、商及老百姓均得利受益，国家征收的盐税每年超过9000万元，比过去翻了5倍。为此，晏安澜获得中华民国政府二等文虎章、二等大绶嘉禾章的奖励。
其时，北洋军阀向列强的“善后大借款”，是以盐税作为偿付本息的担保。那些帝国主义列强为监控我国盐政，在全国各地遍设盐务稽查所，控制我国盐税收入和盐政管理。故当晏运使的新法定案后，即遭到英籍顾问丁恩的百般阻挠，一伙靠盐业发家之徒也设法钻营干扰。面对种种阻力，晏安澜据理力争坚持新法不退缩，又得到四川开县盐场知事章镜堂(进士出身、镇安县达仁人)等多数盐官的上书支持，终使盐政改革在艰难中推行。
民国四年(1915)，袁世凯复辟称帝，蔡锷起兵反袁，曹锟拥袁镇压，南北兵事相持，政局动荡。这时，连生命安全都无法保障的晏安澜，仍以国家盐务为重，坚守职责。一次检查工作至荣昌，遇到该县驻兵哗变纠合土匪进城抢掠，幸被贡生敖享九接到一家祠堂中，晏安澜才幸免于难。行至永川，所带盐兵20人又遭土匪袭击，数兵被虏。急返泸州，发现城内官员多逃离衙门，而晏安澜却坚守盐运使府衙，照常理事办公，安抚百姓。面对乱军设铁索拦阻于江河，有的扣、抢公司盐船，他不惧风险，致电双方军队统帅(皆原清廷疆吏熟人)，要求保护四川盐运船只的自主通航。蔡锷将军及直隶督军曹锟见电后，颇受感动，便发布手令：“各军遇盐船，只准查验不准刁难。”勉强维持着四川盐运流通的往来。
大道乐山晏公祠民国六年(1917)七月，川滇两军交战的炮火愈演愈烈，无法履职的晏运使写下“衰年绝塞登高处，已望商山复望京”的怀乡诗句，扶病北返。川督及四川绅士商民闻信后，屡电中央财政部要求晏安澜返任，电报赞扬晏“莅川数载，清风亮节，有口皆碑”。此时，晏安澜虽在北京治病，心中仍系四川运使职责。这期间，袁世凯称帝失败一命呜呼，中国出现军阀割据和纷争的内乱，北洋政府签订丧权卖国的“二十一条”，孙中山举起护法斗争的旗帜。至十月，他又带病踏上返川之程，谁料行至湖北，闻听荆沙、重庆皆处独立战争之中，只得返京。民国八年二月，68岁的晏安澜在京溘然长逝。