89年初，滚石乐队正式入围摇滚名人堂，贾格尔与理查兹在各自发行了个人唱片之后重新聚在一起，推出了全新的专辑《Steel Wheels》，这张回归之作在英国专辑榜获得亚军，美国专辑榜获得季军。随后不久，滚石乐队举办了一次名为“Steel Wheels/Urban Jungle”的大范围巡演，到访了北美、日本和欧洲多个国家，这是他们自1982年之后七年来的首次巡回演出。在这次巡演中，为滚石乐队暖场的嘉宾包括Living Colour乐队和枪炮美国乐队(Guns N'Roses)。本次巡演的票房收入共计达到1亿4千万美元。1991年，乐队发行现场专辑《Flashpoint》，记录了本次巡演的盛况。与此同时，这次巡演也是贝斯手Bill Wyman跟随滚石乐队的最后一次演出，他在多年的深思熟虑之后终于决定离开滚石乐队，虽然他在93年1月才正式公布这一消息。
九十年代到新世纪：
在Steel Wheels/Urban Jungle巡演成功之后，滚石乐队暂时进入了休整期，在这期间，鼓手查理-沃茨发行了两张爵士唱片，吉他手容尼-伍德也发行了自己的第五张个人大碟，这是他11年中的首张专辑。92年下半年，理查兹也发行了自己的第二张个人唱片《Main Offender》，并举办了一次小型的个人巡演。同时期，贾格尔也发行了第三张个人大碟《Wandering Spirit》，获得英国榜第12名和美国榜第11名，首次实现了销量和评价的双赢。据统计，贾格尔这张专辑在全球总销量超过了200万张，在美国成为金唱片。
在Bill Wyman离队之后，滚石乐队的新东家Virgin公司再版了他们从《Sticky Fingers》到《Steel Wheels》的所有录音室专辑。1993年，滚石乐队开始准备他们的下一张录音室专辑，爵士小号大师Miles Davis乐队的成员Darryl Jones成为了滚石乐队的新成员。滚石1994年推出的《Voodoo Lounge》在英美两国的专辑榜中分获冠亚军。这张唱片不仅在美国成为双白金唱片，还被很多评论人评为“传统主义者的声音”。在95年的格莱美音乐节上，这张唱片最终拿到了“最佳摇滚专辑奖”。
从94年到95年，滚石举办了Voodoo Lounge巡演，这次巡演中滚石演唱的一些歌曲组成了后来的现场大碟《Stripped》，这张主要以原声乐器为主的现场大碟在英国和美国排行榜中都获得了第九名的成绩。94年9月8日，滚石乐队在94年MTV音乐录影带奖颁奖礼上演唱了《Love Is Strong》和《Start Me Up》，在这次音乐奖中，滚石乐队被授予了终身成就奖。
滚石乐队90年代最后一张唱片《Bridges to Babylon》在1997年面世，这张唱片在英国排行榜中获得第六名，在美国榜获得季军。由于有安吉丽娜-朱莉(Angelina Jolie)客串加盟，单曲《Anybody Seen My Baby?》的音乐录影带成为MTV和VH1频道的热播MV。2001年末，贾格尔发行了第四张个人专辑《Goddess in the Doorway》，在排行榜中成绩一般，排在第40名左右。在911恐怖袭击之后，贾格尔和理查兹参加了“Concert for New York City”慈善演出，表演了《Salt of the Earth》和《Miss You》。
02年，滚石推出双CD精选集《Forty Licks》，纪念成立40周年。在英国和美国专辑榜中，这张精选集均获得了亚军成绩。童年，英国著名杂志Q将滚石选为“50支死前必看的乐队”之一。2004年11月，滚石被选入英国音乐名人堂。
05年7月26日，在贾格尔生日这天，滚石乐队宣布他们即将发行八年来的首张新专辑《A Bigger Bang》，这张唱片在9月面世之后得到了非常高的评价，在英国和美国榜分别获得了亚军和季军的成绩，单曲《Steets of Love》在英国和欧洲多国单曲榜中都进入前15名。从05年8月开始，为了宣传新专辑，滚石开启了“A Bigger Bang”巡演，这次巡演分别在北美、南美和亚洲举办了多场演出截止2005年年底，本次巡演已经收入1亿6200万美元，打破了他们1994年北美巡演的收入纪录。06年2月，滚石献唱超级碗大赛中场秀，此后不久，他们又在里约热内卢的Copacabana海滩举办了一场免费的演出，大约有150万乐迷到场观看。