１４日晚１２时是台湾当局针对渔船遭攻击事件，对菲律宾政府发出限期７２小时通牒截止之时。马尼拉经贸文化办事处在台北的负责人当晚进入台湾当局有关主管部门，经闭门讨论多个小时后，于１５日凌晨与该部门负责人共同举行记者会。
台湾当局有关主管部门负责人表示，经过对此次对方所带信件的反复讨论、修订，菲律宾已针对“广大兴２８号”渔船事件表达深切的遗憾及道歉，对我们提出的四项要求也大部分作出正面回应，但小部分仍要进一步确认、了解，特别是在赔偿等方面还要“补强”。
他介绍说，菲律宾政府将指派有关人士１５日抵达台北，１６日下午前往小琉球探望遇难船员家属，将转达菲律宾人民对遇难船员洪石成家属及台湾人民的深切遗憾及道歉，并致送抚慰金，然后再考虑下一步的赔偿；承诺与台湾有关部门共同调查事件，台湾的调查小组将于１６日前往菲律宾。
他表示，台湾当局希望菲律宾政府要立即作出赔偿安排，保证不再发生类似事件。他还说，台湾会持续加强相关海域的护渔，目前的护渔行动将持续进行。
马尼拉经贸文化办事处在台北的负责人介绍了菲律宾政府对渔船事件的处理过程，但对赔偿安排等并未松口。
台湾当局领导人马英九１１日晚召开高层会议，决定针对菲律宾公务船扫射台湾渔船事件，向菲律宾政府提出正式道歉、赔偿损失、彻查事实严惩凶手等四项要求，并从５月１２日零时起限期７２个小时要求菲律宾政府正面回应，否则将采取冻结菲律宾劳工到台工作申请等三项制裁措施。
９日上午，屏东县琉球籍“广大兴２８号”渔船在鹅銮鼻东南方海域，遭一艘菲律宾公务船开枪扫射，造成船员洪石成身亡。在该船全速往东北方向逃离时，菲律宾公务船仍紧追不舍约１小时后才离开。这一事件引发海峡两岸高度关注，岛内各界群情激愤。