在卡斯特罗政权“左转”的过程中，古巴内部已经出现反对派团体，并开始从事游击战。但古巴革命政府拥有极高的民意支持，民兵数量众多，能够有效地监视可疑活动，古巴的间谍和反间谍能力也随之大大提高，反对力量的行动也变得更加困难。1960年9月28日，美国首次向古巴一位具有相当实力的抵抗领导秘密实施空投武器，但此举反而暴露了游击队所在的位置，游击队迅速被古巴军队剿灭。
行动的失败使中情局负责计划的官员认识到，实施空降和游击战是没有前途的。但中情局还是乐观地认为，古巴尽管民兵数量众多，但没有经过训练，士气低落；古巴常规军力战斗力也相当有限。如果对古巴发动大规模进攻，或许还有推翻卡斯特罗政权的一丝机会。1960年10月后，中情局计划的重点开始向公开发动攻击的计划转变。负责训练计划的官员收到了来自华盛顿的中情局的电报，指示把从事训练的游击队员减少到60人，其余人员全部作为两栖和空降攻击部队进行常规训练，并确认了登陆军事行动比其他任何行动具备优先选择的地位。
尽管艾森豪威尔政府没有批准入侵，但它制定了“冥王星”计划，也同意计划向两栖登陆入侵计划转变，这些都影响了肯尼迪政府未来的决策。艾森豪威尔总统也希望肯尼迪支持入侵古巴，并且在任职的最后几天加强了对卡斯特罗的压力。1961年1月3日，美古断交。而中情局后来制定的大规模入侵计划，构成了肯尼迪政府1961年4月17日实施的猪湾军事行动计划的核心。
美国方面选定了猪湾作为登陆地点。它位于一个沼泽地的边上，人烟稀少，而附近的埃斯坎布雷山中直到1960年代中依然有反政府武装力量行动。即将执行入侵任务的军队被取名为“古巴旅”。该旅有自己独特的旅徽，图案是“2506”，上面压着一个十字架，军旗和士兵佩戴的符号，用的都是这种徽记。因此“古巴旅”也被称为2506旅，下辖4个步兵营、1个摩托化营、1个空降营、一个重炮营及数支装甲分队。
“古巴旅”的装备是一流的，除了大量的火箭筒外，雇佣军的装备包括8门4.2寸口径的重迫击炮、数门75毫米口径的无后坐力反坦克炮、57毫米口径的无后坐力反坦克炮、5辆M-41坦克、10辆装有0.5寸口径机枪的装甲车，这批部队还有美国飞机作掩护。一位2506突击旅的战士在开赴古巴的途中狂妄地喊道：“我会把卡斯特罗的胡子拔下带回来！”