2004年，俄罗斯总统普京修订《国防法》，重新调整国防部长和总参谋长的关系，把原来《国防法》规定的“国防部长通过国防部和总参谋部队武装力量实施指挥”，改为“国防部长通过国防部对武装力量实施指挥”的原则。同时规定国防部长对总参谋部的活动实施领导。这就意味着，俄罗斯军队领导体制中，将领导权集中到国防部长手里，总参谋部被定位为国防部的军事指挥机关，国防部长和总参谋长某种“平起平坐”的现象不再存在，领导指挥关系得以理顺。此后，俄军高层的矛盾大幅减少。
从2004年开始，俄军剥离了总参谋部的大部分行政功能，将之交给国防部其他部门负责，实现了国防部与总参谋部之间军政与军令系统的适度分离。自此，俄罗斯军队的改革才走上了快车道。
适应联合作战合并重组军区，剥夺军种作战指挥权
二战后历次战争证明，战争的基本类型已经从世界大战向局部战争和武装冲突转变，加之信息和网络技术的高度发展，客观上要求军队大幅提高指挥效率，建立联合作战指挥体制成为各国的普遍做法，同时不断下移联合作战指挥重心。俄罗斯在联合作战体制方面探索了近20年，直到2008年的“新面貌”改革才取得突破性进展。
俄罗斯的军区制由来已久，军区制的改革是一个绕不开的话题。苏联时期，苏军曾设立过多达30多个军区，苏联解体后，俄罗斯将其缩减为8个，后又重组为莫斯科、列宁格勒、北高加索、伏尔加河沿岸-乌拉尔、西伯利亚和远东6个军区。俄军原有军事指挥体制继承自苏军，集作战指挥和行政管理权于一体，职能和机构重叠，难以适应联合作战快速高效的要求。
俄罗斯军队一直希望建立类似美军那样的战区联合作战指挥体制。在战役层级，俄军在1997年就规定了军区联合作战指挥的职能，但由于军种不肯交出指挥权，建立的战略-战役司令部变成了一个有名无实的空架子。相关的改革一直停留在增减军区数量上，没能建立具有实质意义的战区联合作战指挥体制。
2008年的俄格战争，暴露出俄军无法有效地组织起黑海舰队和陆军以及空军部队的战场协同、联合指挥效率低下等问题。俄军因此下定决心对军区体制进行改造，使之成为战略方向上的战略-战役联合指挥机构。
俄军启动“新面貌”改革后，改革设计者基于此前的改革经验教训认识到，军区体制既不能抛弃，也不能原样不动，应该依托军区改造军区。为此，2010年12月1日，俄军宣布将原来的6大军区合并为4大军区，即西部军区、东部军区、南部军区、中部军区。此次改革对军区职能和战略-战役指挥关系进行了几项大刀阔斧的改革：首先，俄军在军区司令部基础上组建联合战略司令部；其次，军种司令部退出作战指挥链，总参谋部和军种原来涉及的战区层级指挥权交由军区负责；另外，修改军区条例，统一指挥权，从法律上规定联合战略司令部，即军区机关对战区辖区范围内陆海空常规力量和其他强力部门部队实施统一指挥。至此，经过十多年的探索，俄罗斯的战区联合作战指挥体制终于成型。
这次的军区改革，虽然字面上仍然叫“军区”，但此“军区”概念的内涵已不同以往。改革后的每个军区就是一个战区，也代表着一个战略方向，实现了军区、战区与战略方向的统一。军区转变为联合战略司令部，军区司令统一指挥战区内除了战略核力量以外的所有常规力量，包括空海军。空海军司令的作战指挥权上交到总参谋部，由于陆军原本就没有作战指挥权，故而陆海空三个军种司令部全部退出作战指挥链，专事“养兵”，也就是负责各类军事行政业务。
不过，这项让军种司令部放权的改革遇到的阻力可想而知，改革设计者为此不惜动用强硬手段。改革中，为了建立以联合战略司令部为重心的战区联合作战指挥体制，总统梅德韦杰夫和国防部长谢尔久科夫面对来自军种的阻力绝不妥协，强行将军种中央指挥所并入总参谋部，军种总司令退出作战指挥链。为了确保军种顺利交权，梅德韦杰夫甚至于同一天解除了空军和海军总司令的职务，有力地震慑了改革的反对者。