军统主要对付共产党,如1949年11月14日,中共党员江竹筠在重庆渣滓洞监狱被保密特务处决。
1949年后大陆
1949年国民政府撤退到台湾后,一部分军统留在大陆进行暗杀,破坏,情报等活动。克什米尔公主号就是保密所为。中华人民共和国政府对军统严厉镇压,镇压反革命运动中,军统在大陆人员,除了与中华人民共和国政府合作者,一律枪决或重刑。到1950年代中,军统在大陆大致肃清。
以后的政治运动中,如肃清反革命运动、四清运动、清理阶级队伍运动(文化大革命运动的一段插曲),一次又一次追查残余军统人员以及和怀疑曾和军统有关的人物,“活人要落实到人头,死人要落实到坟头”。到1976年后,不再提及军统。
迁台后的军统局
1949年国府迁台。1950年,保密局恢复正式编组,于台北士林芝山岩设立局本部,持续执行情报搜集,并参与台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等案件。1955年,情报机构改制。保密局改组为国防部情报局。保防侦查等业务拨归“司法行政部调查局”接管(今法务部调查局)。一般说来,该阶段先后实际执行者为毛人凤与蒋经国。
1984年发生江南(微博)案,当时之情报局长汪希苓亦被捕入狱,情报局再次大改组。1985年7月1日,情报局与国防部特种情报室并编成立军事情报局,隶属国防部参谋本部,受参谋总长直接指挥。
军统内的红粉军团
为了在抗战中执行特殊任务,戴笠在军统内部组织和发展一支由青春少女组成的“红粉兵团”。其中,有号称军统电译专家的女少将肖毅英;有人称“关东黑牡丹”的女教官徐宵白;有天生丽质、误入军统巢穴却又不甘沉沦的单纯女学生姚美龄;有中央大学才华横溢的高材生、被戴笠霸占又遭抛弃的英文秘书余淑衡;有痴于一夜之情至死不肯醒悟的女特务周志英;有枪法娴熟、在敌伪孤岛勇刺汉奸的女杀手蒋美美;有被戴笠染指又打入冷宫的朝鲜族女保镖金淑子。(新浪网)