五四作为政治抗议运动，其发生和发展也有许多未解之谜团。如许大的一场运动，根据当事人(“三国贼”之首)的曹汝霖晚年的回忆，起因无非是总统徐世昌和皖系军阀头子段祺瑞之间的矛盾，以及林长民和他之间的一点私人恩怨。当然，研究者除非神经错乱，没有人会认同曹汝霖的看法。不过，如果仔细想想，这种看法也未必一点道理也没有，因为毕竟他是从当时的政坛风云漩涡中滚过来的。我们不能否认五四运动和北洋政府内部矛盾之间的关系，却长期忽视它。五四运动跟国民党的关系，经台湾学者吕芳上的梳理，已经基本清楚了，但跟运动关系更直接、更重要的北洋军阀和政府跟五四运动的关系，却长期处于研究的盲点。北洋政府内部跟日本走得近一点的人与亲英美派的人之间，比如当家的皖系和直系之间，他们的矛盾跟运动的发生发展，乃至最后结束之间，存在太多关联。比如，巴黎和会上所谓的中国的外交失败，在形式上跟当年中日在山东问题上的换约，中国有“欣然同意”的外交辞令有关，而这个消息恰是被时任外交委员会负责人的林长民透露到国内报界的。据说，徐世昌因此还把林叫去训了一顿，说他放了一把野火。
然而，如果没有这把野火，赵家楼那把火怎么烧得起来？而林长民恰是一群亲英美的职业政客中的一个，他们中很多人都是职业外交官，有留学英美的经历，比如颜惠庆、顾维钧、罗文干、施肇基等人。他们跟曹、章、陆等日本留学出身的人一直就存在着很大的政见分歧。其次，以梁士诒、叶恭绰为首的旧交通系，对于曹汝霖等人挟日本奥援侵入他们的地盘(时称曹为新交通系)，啧有烦言，因而对日本的西原借款问题已经积怨甚深，而西原借款，实为直皖冲突乃至五四运动的一个远因。
掌控中国政局的北洋军阀派系之间的矛盾，对五四运动的发生发展关系更大。在五四时期，徐世昌和段祺瑞两人显然是有矛盾的，但这个矛盾背后实际上折射的却是北洋系统内直皖之间的问题。因为从北洋圈子里滚出来的徐世昌深知枪杆子的重要性。他的这个总统是段祺瑞捧出来的。他和段之间，说是牵线木偶和牵线人的关系也许有点过分，但是说，没有了段，就没有徐这个总统，肯定是对的。徐世昌对段祺瑞有点想法，更多的可能是着眼于直皖之间的平衡以及对段祺瑞武力统一政策操之过急的忧虑。
说到北洋直皖之间的矛盾，在五四运动的当口，可以说已经发展到了撕破脸皮，就差动手开仗的地步。前直系领袖冯国璋退出历史舞台，新直系的领袖曹锟被段祺瑞忽悠了一下，成了段祺瑞武力统一的前锋，麾下战将吴佩孚一马当先，打败桂系的主力，连带击垮了湖南军队，拿下长沙，剑指两广。然而，在后方，段祺瑞派心腹徐树铮编练自家武装参战军(后改为西北边防军)，从日本借来的银子、买来的枪械都投到了那里，甚至连直系辛辛苦苦打下的湖南，也便宜了段祺瑞的亲信张敬尧，让他做了现成的督军，吴佩孚自己只落了个孚威将军的空名。段祺瑞让直系为自家火中取栗的耍猴把戏，干得过于拙劣，别说精明的吴佩孚，连憨憨的外号叫傻子的曹锟，都洞若观火。吴佩孚打到衡阳，一面按兵不动，跟南方勾勾搭搭，信使往来；一面以最爱国、最激进的面目，频繁通电，对北京政府种种举措，说三道四，肆意抨击，甚至对政府要员指名道姓，直斥其非。打狗，冲的是主人。经战争实力壮大起来的新直系，此时隐隐然已有问鼎中原，夺了鸟位之势。巴黎和会上中国在山东问题上的失败，恰好给了直系一个攻击段祺瑞把持的北洋政府的机会，而五四学生的抗议运动则使这个机会极大地扩大。因此在这期间，用陶菊隐先生的话来说，吴佩孚今天一个仿讨武曌檄，明天一个效驱鳄鱼文，口号喊得比游行的学生还激烈火辣。不仅对舆论而且对政局，就是有影响。
要知道，当时吴佩孚是公认的常胜将军，能打仗，而且能打胜仗。直系虽然还有其他大佬在，比如所谓“长江三督”：鄂督王占元、苏督李纯和赣督陈光远，但是只有吴佩孚才称得上是直系的当家花旦，别人顶多跑跑龙套。虽然说，吴佩孚的发言不见得都是直系将领的意愿，但是他们肯定都乐意通过吴大声发言，向皖系政府表达不满。在袁世凯时代就进入北洋团体、作为袁世凯老友的徐世昌，当然不乐见北洋团体的分裂。对他而言，尽管自家是皖系捧上台的，但只有维持北洋军阀各个派系，尤其是直皖两系的平衡，他的位置才能坐得更稳。如果仅仅在皖系的指挥刀下做总统，徐世昌岂不成了汉献帝？恰是在这个意义上，他才敢于在五四期间跟段祺瑞有了点“不同意见”，更倾向于考虑吴佩孚的声音，牺牲曹、章、陆。而在曹汝霖看来，显然在这个危难时刻，段祺瑞要比徐世昌更够意思。
段祺瑞的麻烦显然更大。这个才具不如袁世凯，但是雄心却比他的主公更大的北洋第一号继承人，当时最想做的事就是武力统一。为此目的，他才靠近日本，从日本得到大笔的贷款，大批的日式武器连同教练也随之进入他的嫡系部队。也正因为如此，他控制的政府才会对日本趁第一次世界大战之际强夺德国控制的胶州湾和德国在山东的势力范围的行为装聋作哑。别人也许只当他是皖系的首领，但是他却认为自己理所当然地是整个北洋系的老大。由于他做遍了北洋系军校的监督，所以凡是北洋出身的人名义上都是他的学生，包括直系曹锟、吴佩孚也不例外。因此，吴佩孚电报仗打得虽然凶，但始终都给段祺瑞留着面子。段祺瑞自己也很看重这点面子，眼看着吴佩孚差一步就踏入广东，他也知道这个秀才出身的将军能打，只要面皮没有最后撕破，他都会指望吴佩孚替他完成统一大业。因此，于情于理，尽管吴小鬼(北洋系中对吴佩孚的蔑称)咄咄逼人，还真就得让着他三分。这也是为什么段祺瑞对曹汝霖安慰话说了一箩筐，却只能眼睁睁地看着这个为他筹钱出了大力的人，背着国贼的名头，离开了政坛。
从某种意义上说，五四运动是直皖之间势力消长的转折。通过五四，皖系和它的安福政府将卖国的污名牢牢地背在了自己的身上；而直系，尤其是吴佩孚，则获得了爱国的美名，从此得到了行动的正当性。五四运动次年，双方一场大战，尽管皖系在武器装备、军队数量和后勤供应上都占有优势，但却很快一败涂地。这里除了直系训练和战略战术方面的优长之外，双方士气高下和人心向背方面的差距不能说不是一个重要因素。当时亲身参加巴黎和会的顾维钧看出了其中的玄机，他后来回忆说：“和会对国内政治情势影响至巨。和会期间双方停止了公开的战争。然而不久，便爆发了直皖之战。”(《顾维钧回忆录》第二卷)
按说，当时的中国有具有革命资本的国民党势力，也有具有讨袁传统的云南唐继尧和广西陆荣廷的势力，但是在五四这个关键时刻，他们却让北洋军直系的一个师长专美于前。吴佩孚通过在五四时期的发声，成为话语权的主导者。在新闻自由的公共媒体已经成为一种社会势力的时代，这种话语权显然具有出人意料的力量，而吴佩孚恰是借助这个力量，一跃成为中国最耀眼的英雄，而不仅仅是打过一些胜仗的将军。中国的军阀何其多，但是只有吴佩孚具有世界的声名，他是第一个上时代杂志封面的中国人。（腾讯网）