因为研究知青史，刘小萌在原先的科研队伍里一度受到排挤，成稿的论文和书稿也迟迟不能付梓，同时，他还不能荒废本身的专业。
“我当时是副研究员，专业上有压力，评职称那会就特别忙，天天熬夜，4个月写了40万字，那时候还没电脑，全靠手写，手老麻，后来凭借着论文《爱新觉罗家族全史》评上研究员，庆幸没耽误。现在我隔几年就拿出一段时间来做知青研究。我老在反思，我们知识分子自己有没有好好地利用环境来做点事。起码，在知青史上，大的问题、大的事件目前还没有没写出来。书稿老是不能及时发其实也是好事，放在那里就会老去修正它，希望它能尽量减少局限性。中国当代史研究是比较滞后的，但是知青史这一块，现在我们跟国际上还是接得上轨的。”
因为不接近学术主流、长期独来独往，同事管刘小萌叫“独行侠”，他自己苦笑，说大概是当知青时放羊的潜在影响，强化了自己的自由散漫、学术上边缘化，和思维观点上的自由主义。
他没有知青情结。他怜惜所有与自己有着相似命运的人，比如他的妹妹刘小茁。这个姑娘15岁时在“工宣队”的强制下到延安安塞插队，新挖的窑洞还没搬进去就塌了，万幸捡回一条命。后来为了照顾哥哥，善良的妹妹放弃了回城，永远地扎根在河北保定，47岁提前“内退”。
刘小萌给许多知青做的口述录音，都是妹妹帮助整理。刘小茁把这些说话南腔北调，声调忽高忽低的录音，耐心地整理成文字，不为别的，就因为她也是“知青”。
“你为什么不说？”
《中国知青史——大潮》以后，刘小萌又完成了《中国知青口述史》一书，全书收录了13位知青的各自不同经历，刘希望用活生生的个体来补史、证史，让历史鲜活起来，弥补第一本书凭文献史料研究的缺憾。
他在这个过程中结交到了不少掏心掏肺的知青朋友：许多人热情无私地支持他，为他提供当年的史料和珍贵的照片；到哪里考察都有知青像招待贵宾兼多年老友一般招待他；他去湖南调研，知青出身的“湖南钢铁大王”给他一张卡，在赔钱赚吆喝的“知青酒家”里管吃管住……
1700多位知青里，选出十来个有代表意义的个体，以多元的观点和写作手法来呈现历史，刘小萌说，非和知青广泛地、长期地交朋友不可。
一位知青在做口述的时候，说母亲是病死的，交往多年，一次与刘酒酣耳热之时才吐了真言：母亲是红卫兵抄家的时候被打死的。当时兄长拿着擀面杖挺身而出：你们谁敢动我妈，我跟你们拼了！结果，也被当场打死。嫂子带着孩子改了嫁，侄儿至今不知道自己身世。
刘小萌瞪大眼睛：你为什么不说？你哥哥是英雄啊！
虽然有着种种限制，刘小萌在《中国知青口述史》中还是尽力呈现了一幅比较全面和多元的知青众生相。这其中，有曾经风光一时的知青典型、有返城风中脱颖而出的民间领袖，也有默默无闻的普通知青。
——张韧，知青中的“大姐”，1962年考取上海戏剧学院导演系，但她放弃了，执意下乡，是当时著名的知青典型；
——柴春泽，一个极左路线猖獗年代的知青典型，曾被刘小萌形容为“有写信癖”，但通过接触了解，刘发现，这其实是一个朴实而又循规蹈矩、拘谨认真的老好人；
——刘继业、吴献忠，辽宁知青典型，“文革”后同遭牢狱之灾。出狱后刘继业成了大型国有企业的中层领导，吴献忠虽然没了党籍，但依然坚信共产主义，以“党外布尔什维克”自居，等待着有一天能够重新入党；
——安海燕，13岁遭遇“文革”，靠捡破烂养活全家，17岁下乡当赤脚医生，因成绩突出成为典型，但就是这个给病人大胆扎针治疗的赤脚医生，居然直到新婚之夜还没有任何性的常识，以为自己是个半男半女的“中性人”；