1937年11月，日寇侵入海宁，查玉芳的三哥查懋忠带着全家逃难越过钱塘江，在余姚庵东镇落脚时，夫人徐禄因患病不幸离世。此时，查玉芳随丈夫转移至重庆。此时，查良镛正在外求学。
抗战军兴，赵正龙投笔从戎，1943年在与日寇的一次决战中阵亡。查玉芳此后先后在南京、杭州一带教书，过着单身生活。
1946年，抗战胜利后的第一个暑假，查良镛的哥哥查良铿从南京回老家结婚，查玉芳回到娘家，与三哥查懋忠一家团聚。查良镛把他这几年一边流亡一边念书的苦难往事尽情向姑妈吐露：1938年9月初，浙江联中正式开学，他进了初中部，和大多数沦陷区来的学生一样，他失去了经济来源，完全靠战区学生救济金维持生活和学业。联中成立时按规定将救济费分甲乙丙三等，来自沦陷区的都享受甲等救济，一切应缴的费用全免，所有外穿的制服及书籍、伙食费用均由国家供应，每月发几元零用钱，可以买纸张和文具等用品。查良镛在校享受甲等救济待遇，穿的衣服都是训练团留下来的军服，内衣裤、鞋袜等衣物则没有钱买，就算天寒地冻也只是穿两件单衣，买不起袜子，只能赤脚穿草鞋……说起慈母病死自己却不能在她身边尽孝，查良镛的眼泪一滴滴地往下掉。查玉芳含泪轻抚侄儿的头说：“妈妈不在了，姑妈也是你的妈……”
在姑妈的劝说下，查良镛决定去重庆工作，为自己筹集出国留学的钱款。正值战后返都，到重庆和南京的火车票一票难求。从浙江到重庆，行程几千里，他和姑妈一人一辆自行车蹬着去。骑行到南京后踏上一艘客轮，一个半月后才到达重庆。
后来查良镛又到了湘西农场。在湘西农场的两年中，查良镛得到姑妈无微不至的照顾。为躲避内战的烽火，查良镛回到浙江，在《东南日报》工作，姑妈也回到杭州执教。
金庸在《神雕侠侣》中描写的爱情惊天地泣鬼神，与其说是一部武侠小说，不如说是一部爱情小说。有人说，女主人公黄蓉有当时香港长城影视公司当家花旦、金庸的“梦中情人”夏梦的影子，其实，也有他的姑妈查玉芳的影子。
赵正龙为国捐躯后，查玉芳一直单身，守身如玉。在重庆，在杭州，她曾凭着自己的一身拳脚，将企图强暴她的好色之徒打得落荒而逃。
1948年，查良镛考入《大公报》，调往香港，查玉芳也离开了浙江，从此失了音讯，不知她去了台湾还是漂泊海外。几十年间，金庸曾托台湾的亲友和海外的朋友寻找，但遍寻不着。20世纪70年代初，海外传来一个不能确定的音讯——查玉芳晚年有可能在加拿大独居过，60年代初客死他乡。（新华网）