为实现全新的课程体系，昆山杜克的机构组成也有特色：建立学校理事会、学术委员会、顾问委员会、行政体系等扁平化管理架构。
“这里没有学院，只有一个个中心！我们突破了当前大学传统的面向学科、专业和职业的院系学术构建，直接以面向需求、问题和未来的思维建立跨学科、跨领域、跨行业的协同研究中心，实行人才培养、科学研究、社会服务和文化传承与创新紧密结合的教学模式。”主政武汉大学多年后，昆山杜克大学校长刘经南希望在昆山杜克实现新的教育梦。
为此，刘经南甚至在开学典礼上鼓励学生“质疑校长”：“大学，拉丁文的本意就是学术共同体，即教师、学者和学生的共同体。在昆山杜克，追求学术纯洁和真实是共同的价值理念，我们需要被质疑、被检验，以推动知识进步。因此，鼓励学生质疑教师、学校和校长。”
在这所新大学，“追逐古老学术之传统”被创校者反复提及，以至于开学典礼上出现了一个特殊环节：每一名学生都被邀走上演讲台，在巨大的“社区道德守则”上签字。这由杜克大学演变而来，大学被视作一个多文化社区。而在短短数行的道德守则上有这样一段话：“我承诺不在我的学术活动中撒谎、作弊或剽窃，我承诺维持自身品行的端正，我承诺在发现相应违反社区准则的时候采取相应标准……”
“我们谈创新和改变，但学术正直、合乎道德是至关重要的……”常务副校长玛丽·布洛克在致辞中强调了对真理的追求、道德标准及以知识服务社会的理念。 本报记者 唐闻佳