然而，众多国家加速发展航空母舰同样会产生负面影响。一方面，可能加剧业已存在的海洋利益矛盾和冲突。当前，世界各国特别是亚太周边国家海洋利益的相向拓展和相互摩擦加剧，以往解决海洋争端多使用的是中小型舰艇进行执法巡航。如果在海洋争端中出现了航空母舰，将对相关国家产生巨大的心理冲击。航母编队规模巨大，万一“擦枪走火”，对抗演变成武装冲突或局部战争的可能性明显增加。
另一方面，可能引发各国军备竞赛。除了英法，正在建设航母和“准航母”的国家均是亚太地区国家。航母服役将大大提升各国远洋作战能力，必然影响到地区原有的力量平衡。各国为保卫自身安全、维护国家利益，也会加大对海军建设的投入，可能引发新一轮海军军备竞赛，这也将对地区安全带来深远的影响。
争议虽多
航母优势依然无可替代
在信息化在军事领域大放异彩的今天，航空母舰在战略价值、发展趋势，能否适应信息化战场条件变化，不被其他武器所取代等问题上引发了激烈的争论——不少人认为航母仍然是一种机械化时代的作战平台，在目前乃至今后的信息化战争中将完全过时，只能被动挨打，是海上“活棺材”；有人甚至认为航母必将被核潜艇、远程精确打击武器系统或者是天基武器系统等取代。
焦点之一是航母的价值之争。一直以来，航空母舰作为“烧钱机器”，只能是大国富国的“宠物”。美国尼米兹级“里根”号核动力航空母舰当年的建造费用约为45亿美元，“布什”号的建造费用则高达64亿美元，加上全寿命周期内高于建造费用数倍的维护、保养、使用等支持费用，远不是其他国家能够负担得起的。然而，与其他舰艇相比，航空母舰的造价和使用支援费并不是最高的。美军统计，以每吨采购费比价来计，洛杉矶级核潜艇采购费用为6.5亿美元，按6900吨排水量计算，比价为9.42万美元／吨；提康德罗加级巡洋舰的采购费为9.25亿美元，按9600吨排水量计算，比价为9.64万美元／吨；尼米兹级航空母舰的采购费用为83亿美元，按100000吨排水量计算，比价为8.3万美元／吨。三者相比，航空母舰的优势十分明显。
焦点之二是航母的路径之争。在航母百年的发展进程中，围绕一些核心技术和建设思路，始终存在着几个问题的争议。
一个问题是关于大小航母孰优孰劣？其实，这是一国的战略抉择问题，它取决于一个国家的军事与海洋战略，还取决于国家的总体实力强弱与军费投入多少，而且它还受到国家、军队以及海军决策者对航母的偏好和认知程度的影响。据美军统计，越是大型航母，效费比越高。大型航空母舰依然是强国和大国海军的偏爱；而小中型航空母舰仍是中小国家没有太多余地的选择。
另一个是航母动力的问题，核动力还是常规动力。从目前各国航母情况看，动力类型取决于各国海军战略需求、航母大小和可能获得军费的多少，一个国家所掌握的船用动力制造能力与国家科技水平的高低也是关键性因素。总体来说，像美军这样财大气粗的，选用核动力效费比更高，其科技能力也足够支撑。其他国家在核动力方面都缺乏足够的技术支撑，法国在经历“戴高乐”号航母核动力问题的困扰后，下一艘航母不论是PA2还是CVF，都将重新选用常规动力。
应该承认，进入21世纪以来，航空母舰遭遇了来自各式新型武器装备的挑战，也有不少人认为它已经过时了，不能适应未来战争的需要。然而，当前仍有众多国家趋之若鹜地加入到设计和建造航母、“准航母”的队伍中，根本原因仍在于，在当前的国际战略形势和军备发展条件下，航母仍是海上作战能力最强、性价比最高的平台，无法替代，更难以超越。