调整编制体制，提升快速反应能力
冷战结束后，来自苏联的威胁消失，日本面临的安全威胁转为“新型威胁和多种事态”。日本开始推进自卫队改革，调整陆上自卫队编制体制，目标是构建一支“多能、灵活、有效”的防卫力量。对陆上自卫队的“瘦身”首当其冲，重点是压缩部队规模，减少重型装备，使部队由传统的重装型向灵活机动型转变。
从1996年开始，日本开始改革冷战时期确立的陆上自卫队“13师2混成旅”编制进行改革，并于2009年度完成并确立“9师6旅”的编制，形成由政经中枢、沿岸部署、战略机动等多种类型师、旅组成的陆上自卫队。
2006年度末，日本在朝霞基地新编中央快反集团。该集团由日本防卫大臣直接管辖，是一支具有战略预备队性质的快速反应部队，总兵力约4500人。中央快速反应部队有“自卫队味精”的绰号，因为它整合了陆上自卫队几乎所有能第一时间出动的精干力量。
后来又经过几次整编，至2013年度末，陆上自卫队形成了8个普通师、1个机动装甲师、6个旅、5个混成旅和中央快反集团的编制。其中，中央快反集团和1个装甲师为机动作战部队，其余8个师和6个旅为平时固定部署部队。
2013年的新防卫计划大纲提出，日本将在陆上自卫队中设置新的司令部——“陆上总队”，以统领陆上自卫队北部、东北、东部、中部、西部五个方面队（相当于军区），届时“中央快反集团”将撤编，转隶至“陆上总队”。同时对目前的兵力结构进行调整，形成由3个机动师、4个机动旅、1个装甲师、1个空降旅、1个直升机旅和1个水陆两栖机动旅组成的“机动作战部队”，其余5个师和2个旅作为平时固定部署部队。其特点是加强机动作战力量，同时保持和军区的地域守备力量，形成地域守备和机动应变的双型部队配置。目前，这项改革尚在进行中。
建立联合作战体制，与美军无缝对接
美国、俄罗斯等国家在军事转型中相继建立了联合作战指挥体制。日本作为美国的重要盟友，在指挥体制上也追随美国，逐步建立起既适合本国国情，又方便与美军对接的联合作战体制。
日本于2006年3月27日正式成立联合参谋部，同时撤销参联会，建立起以联合参谋部为核心的联合作战指挥体制，把原来各军种参谋长的作战指挥权统一收归到联合参谋长手中，各军种参谋长被剥夺作战指挥权，由联合参谋长指定联合任务部队指挥官对部队实施统一指挥。各军种参谋长退出指挥链后，专门负责本军种的建设、训练、人事和管理等工作，成为“力量的提供者”，而联合参谋长成为“力量的使用者”，从而建立起军政军令分开的一元化指挥体制。联合参谋长直接向首相负责。
日本自卫队新的联合作战指挥体制链条为“联合参谋长—联合任务部队司令（各方面队司令或中央快反集团司令、联合舰队司令、航空总队司令或未来的陆上总队司令等）—联合任务部队”三级指挥体制。
特别需要注意的是，作为美国在亚洲最重要的盟友，日本的联合指挥体制还要和美军对接，便于实施高效的联合作战。2012年3月，日本航空自卫队航空总队司令部迁入驻日美空军司令部横田基地，同时在横田基地设立“日美联合作战协调所”。2013年3月，陆上自卫队中央快反集团司令部从朝霞驻地迁入驻日美军陆军第1军司令部的座间兵营（神奈川县），另外，海上自卫队与驻日美海军第7舰队同在横须贺基地。因而，日本陆海空主要司令部与美军太平洋战区三军战术司令部已经实现整合，自卫队的三级指挥体制与美军的三级指挥体制分别对应，战时可实现指挥链的“无缝对接”：日联合参谋长对应美太平洋总部或中央总部等战区司令；日各军区司令或中央快反集团司令（或未来的陆上总队司令）对应美陆军第1军司令，日海上自卫队联合舰队司令对应美第7舰队司令，日航空总队司令对应美驻日空军司令；日联合任务部队对应美联合特遣部队。