针对深圳报业的质疑，2月1日，武汉地铁给予的书面回复称，收到深圳报业的质疑函后，公司纪委对招标代理公司、招投标程序及评审过程进行了认真调查、核实，结果表明，此次招标程序符合法律及相关规定，评标过程公平公正。
此外，对于深圳报业要求公布此次招标评委名单的要求，武汉地铁表示不能满足。
等待答复期间，1月31日，深圳报业派工作人员飞赴武汉，当面向武汉地铁及招标代理公司湖北成套的负责人提出异议。
与招标方负责人沟通时，深圳报业方面获悉，己方失分主要在第三部分、即分值为25分的项目经营建议书环节，根据招标文件，这25分又分成若干小题目，包括行业分析、战略规划、经营计划、财务规划等。令深圳报业工作人员不解的是，在公益广告和合理化建议等小项上，深圳报业得分居然为零分。
在深圳报业代表的迫切要求下，招标代理公司披露了专家评审对深圳报业后25分扣分部分留下的书面意见：项目发展规划，对经营权范围理解有偏差，没有响应文件，超范围经营；项目管理方案，缺少科学原理及符合市场的管理方式，组织架构无法支持今后与业主的配合，而且经营团队管理方法没有细节性描绘。项目预算及支持方案，有预算表格，但没有详细的预算，对招标范围的理解有很大的偏差，而且财务计划只有一个目标，没有任何的分析；公益广告只有5%的份额，达不到武汉市政府要求的10%；合理化建议方面不够。
“这样的评分显然有失公允。”深圳报业法律室主任律师申应东对记者分析，以公益广告这一项为例，武汉地铁招标文件中关于公益广告的要求是，乙方需在经营许可期内保证不低于广告媒体总面积的5%用于发布公益广告。如果5%的媒体面积不能满足政府对公益广告要求时，以政府规定或要求为准。而深圳报业投标书完全按照招标文件要求撰写，强调“不低于5%”，并在投标文件里响应招标书所有公益广告的要求。现在，招标方以深圳报业公益广告只承诺不低于5%，未达到武汉市政府要求的10%，所以此项给报业集团的分值为零分。
申应东认为，如果武汉市对公益广告的投放要求不低于总额度的10%，那么，招标方就必须在招标文件中明确予以说明；如果招标方明知政府要求是10%，却在招标文件中误导投标人，要求不低于5%，而评标时却又以政府的10%来要求投标人，则属于以“挖陷阱”的方法诱导投标人，违背了公平、公正、公开和诚实信用的原则。
由于在项目经营建议书环节大比分落后，深圳报业最终以2.51分之差落标。
为何放弃价高者
关云平说：“最让我们不理解的是，对正在建设中的武汉地铁而言，本可以通过招标广告代理经营权的方式最大限度收回投资，为何会放弃10多亿的合作方不要，却选择了3家竞标单位中报价最低的一家？”
对此疑问，武汉地铁集团纪委书记何少文在接受中国青年报记者采访时表示，作为经营实体，武汉地铁确实需要资金，同样要追求利益最大化，但也需要中标企业更可靠，可实施、可实现。通过招投标的方式请专家来评审的目的就是要把有实力能够支付、且支付方案中一些支付条件充分的企业选进来。何少文强调，整个评标过程均由专家独立完成，分数也是由专家依据评分标准给出，无论是招标方还是代理公司均不能干预专家。
招标代理公司湖北成套的负责人吴东升在接受记者采访时也解释说，此次招标项目采用的是综合评估法，这种招标不同于竞价或者是拍卖由价高者得，报价只占其中的一部分，除了报价之外，还要比拼方案，由专家对三家投标单位进行横向比较，并根据评标的办法进行主观的判断，酌情打分。
就在深圳报业提出质疑的同时，2月7日，武汉地铁和湖北成套向竞标单位正式发出了中标通知书和未中标通知书。