后来，明末起义军首领张献忠进入四川一带，烧杀掳掠。年过花甲的秦良玉再次披挂上阵，风采不减当年。她率领白杆兵，连战连捷，解除太平之围，扼反将罗汝才于巫山，斩叛帅东山虎于谭家坪，使张献忠的军队在川地吃尽了苦头。然而，由于川地屡经兵灾，府库空乏，损耗的兵力和粮饷无法补充；而起义军势力强大，潮水般涌进川蜀，在整个战局上，官兵是无法取胜的。秦玉良万般无奈，只有退保石柱一地。面对着无奈的战局，英勇善战的秦玉良也只能哀叹“大厦将倾，一木难支”。
此时，北京城已被李自成所率领的义军攻破，明思宗自缢于煤山，大明皇朝在风雨飘摇中终于寿终正寝。李自成入主京城，张献忠则想牢牢控制住川蜀，以作为自己的根据地。张献忠东征西战，铁蹄所至，几乎囊括了全蜀，却唯对石砫弹丸之地无可奈何。已68岁高龄的秦良玉，带着她手下历经百战的白杆兵，不畏强暴，誓死抗拒。这时的石柱孤立无援，如同汪洋大海中的小舟，随时都有被吞没的危险。秦良玉对自己的部众说道:“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆贼哉！”并下令:“有从贼者，族无赦！”她从容不迫，分兵镇守四境。张献忠对四川各地土司都成功招降，却“独无敢至石柱者”。一直到张献忠败亡，他的起义军终没能踏入石柱半步。
清顺治五年（1647年），端阳节过后，75岁的秦良玉在一次检阅过白杆兵后，刚刚迈下桃花马，便“身倾，遂殁”，无可奈何花落去，结束了她战功赫赫的传奇人生。
史载，当时四川久经战乱，百姓十室九空，川东地方（石柱除外）仅剩数万人，新建立的清朝廷最终不得不从湖广大规模移民。而在秦良玉的保护下，石柱成为当时渝东人民远离兵燹之苦的唯一乐土，附近丰都、忠县、梁平、万州等地民众纷纷进入石柱避难，至清初战乱初步结束，石柱人口不但没有减少，还增加了近十万人，与整个川东地区所剩人数形成对比。一代文豪郭沫若因此曾赋诗称赞秦良玉是“石柱擎天一女豪”。
根据重庆有关部门对秦良玉所遗留下来的衣物等遗物测定，其身高约1米86左右。
后人写过无数歌颂这位传奇女杰的诗篇，而歌颂秦良玉最让人感动的诗篇，当出自清末女英雄秋瑾。二人同为巾帼女儿身，英雄相惜，自然别有一番真味在诗中:
其一:古今争传女状头，谁说红颜不封侯。马家妇共沈家女，曾有威名振九州。
其二:执掌乾坤女土司，将军才调绝尘姿。花刀帕首桃花马，不愧名称娘子师。
其三:莫重男儿薄女儿，平台诗句赐娥媚。吾骄得此添生色，始信英雄曾有此。