三本长卷虽然是同名绘画，但是在时空上发生了不小的变化。“宋本”所画的时间段是学术界通常认为的清明节，空间是汴河两岸从近郊到开封城内的世俗生活，“宋本”中的人物大多是围绕着清明节这一天的祭扫、聚会、商贸等活动展开的，没有鲜明的喜庆色彩。“明本”和“清院本”在时间上淡化了清明节这个感伤的日子，上坟祭祀等活动不再出现，场景气氛相当欢乐，甚至在卷首就出现了嫁娶这样不可能在清明节出现的喜庆之事，画中所绘不是一个特定的节日，而是集中概括了许多佳节的喜庆内容。余辉认为，明代中后期出现的这种变异，主要是欣赏者们追求享乐的审美需求，这种需求被商业化放大后，最终导致了“宋本”《清明上河图》的主题发生了重要变化。清代乾隆朝欲求表现其乐融融的官民生活和繁华的商贸活动，而且更具规模化，昭显太平盛世之象。在“清院本”中，清明时节悲切的内容和场景，更是荡然无存。至此，《清明上河图》这一特殊的民俗画卷完成了由表现清明节转变为渲染喜庆佳节的过程。
宋本是以画谏言 繁荣背后隐藏暗线
在对“宋本”即张择端的《清明上河图》进行了长时间认真研究后，余辉自信地认为，此画卷并非只是简单的描绘百姓风俗和日常生活，在商业繁荣的表面之下暗藏玄机，明线下交织着一条令人心悸的暗线。
从文献中可知，汴京是十二世纪初世界最大的城市之一，人口达137万，8厢120坊，绝大多数建筑都是砖木结构。北宋经历了40多次特大火灾，因此消防是当时朝野最关注的严峻问题。当时汴京的防火措施非常严密，每个坊都设有一座望火楼，专门观测火警。楼下有被称为“潜火兵”的军队驻守，专司消防。余辉说，张择端画了望火楼，但楼上无一人观望，更夸张的是，望火楼下的两排兵营被改作了饭馆。
而比消防缺失更可怕的是城防的涣散。画中，城墙上下没有一个守卫，土墙上面也没有任何城防工事，连射箭的城垛也没有，甚至连虚设的城防都没有。原本应该是有重兵把守的城防机构所在的位置，居然是一家商铺，老板正在验货，账房在记账。从画面上看，整个汴京正沉浸在浓厚的商贸气氛中，完全是一座不设防的都城。“这不是张择端的有意设计，而是真实地反映了宋徽宗朝初期已日渐衰败的军事实力和日趋淡漠的防范意识。”余辉说。
画卷中有很多船，其中大量的是运粮的私家船。表面看来这是一种商贸兴隆的景象，实则反映出当时政府的一项重要失误：宋徽宗将大量运粮的官船用去运送花石纲，使得粮食运送出现问题。私船趁机而入，并渐渐把持住了城市的粮食市场，进而操控粮食价格。
类似的例子还有不少，画家在图中隐藏着对现实社会中一些隐患的忧虑：他将船与桥的矛盾和桥上文武官员的矛盾交织为全卷的视觉中心，通过表现惊马闹市、船桥险情、官员争道、军力懈怠、城防涣散、消防缺失、商贸侵街、党祸渎文、酒患成灾等诸多场景，深刻揭示出当时的社会痼疾。余辉认为：“这些本不是赏心悦目的绘画内容，张择端却精心描绘，成为其作品深处丰富的潜台词。”
在扎实的研究基础上，余辉提出了一个新的观点：张择端欲通过《清明上河图》向宋徽宗展现一些社会顽疾。他解释，由于宋太宗采取鼓励文人谏言的政治措施，关注社会现实和朝廷政治成为宋代画家较为普遍的创作趋向。北宋官吏利用绘画向皇帝表述民情的手法不止一例，如熙宁七年（公元1074年）是北宋的大灾之年，光州司法参军郑侠借工匠绘制的《流民图》请求宋神宗停止王安石的变法活动。遗憾的是，宋徽宗仅是对该图的绘画技法表示肯定，却对其思想内涵没有兴趣，于是只在卷首题签后就将其赏赐出去了。