面对日本带来的战争威胁，帝党主战，后党主和，帝后两党演变为主战派和主和派，帝后两党的矛盾冲突日趋公开和尖锐。光绪帝和以他为首的主战派，为了积极地推行备战抗敌的方针，对以慈禧为首的主和派进行了坚决地抵制和斗争。由于光绪帝公开主战，使得朝廷上下激起了一股卫国抗敌的主战波澜。光绪二十年七月初一(1894年8月1日)，清政府发布了基本体现主战派的对日宣战上谕，正式对日宣战。
但是在平壤失陷、黄海重创后，日本取得了陆海两方面的战争主动权。相反，中国的抗战却陷入了被动的地位。这时，以慈禧太后为首的主和派占了上风。
由于光绪帝在战和问题上态度鲜明，公开拒绝与主和派合流。慈禧便采取了杀鸡做猴的手法，企图以此来胁迫光绪帝和削弱主战派势力。
慈禧借口珍妃“卖官”事宜，先是用后宫的“家法”，将珍妃当众杖责，并将其和瑾妃降为贵人，将光绪帝及珍妃身边“涉案”的太监或杀或充军，死者达60余人。更严重的是，不准二妃在平时向光绪帝呈送物品，企图切断他们之间的感情纽带。然后明旨给皇后，授意她打探光绪帝与嫔妃的一切事宜，并随时上报。
从表面上看，慈禧惩处珍妃，是为了维护大清的祖制家法，冠冕堂皇，实际上是“后党”对“帝党”的一次反扑和严厉打击，是皇权斗争中的插曲。“帝党”遭到这次打击后，元气大伤。
3.马关条约
威海卫保卫战的瓦解和北洋水师的全军覆灭，使得清政府在战略上遭到沉重打击。以慈禧为首的主和派完全陷于失败主义的泥潭中，认为只有屈从日本，才能保住自己的地位。
光绪二十一年二月初九(1895年3月5日)，慈禧派李鸿章作为全权代表赴日谈判，三月二十三日(4月17日)李鸿章代表清政府签订了中日《马关条约》。
《马关条约》的主要内容是中国要把辽东半岛和台湾全岛及所有附属各岛屿包括澎湖列岛割让给日本，赔偿日本军费白银二亿两，添设湖北沙市、四川重庆、江苏苏州、浙江杭州为通商口岸。还规定日本人在各通商口岸可以自由从事工艺制造，并可以将各种机器自由装运进口，日本在中国制造的货物与进口货物享受一样优待的权利。最后一条对当时的日本来说并不是太现实的需要，但是根据列强利益均沾的原则，欧美资本主义国家可借这一条款，进一步拓展他们在中国的投资，对其极为有利。这个条约表明外国资本主义对中国的侵略已开始进入帝国主义阶段，大大加深了中国的半殖民地化和民族危机。
经李鸿章草签的《马关条约》以最快的速度送到北京，消息传开，在全国引起了强烈反响，要求废约的呼声高涨。在京参加科举的各省举人1300多人公推康有为执笔上书光绪，反对签约，提出改革政治，建议以赔款为战费，迁都再战，这就是历史上有名的“公车上书”。公车上书是近代中国知识分子冲破禁制，第一次参加反对帝国主义的群众性运动。台湾人民得知台湾被割让，痛哭流涕，坚决反对。他们纷纷组织义民军，推举台南守将刘永福任军统，共同抗日。台湾军民在极度困难的条件下仍然坚持战斗。最后，义军大部分战死。台湾军民4个多月的抗战，给了日军以沉重打击，杀伤敌人3万多。在这以后漫长的半个世纪中，台湾人民反抗日本侵略的斗争始终没有停止过。爱国诗人丘逢甲于1896年所作的《春愁》反映了台湾人民的悲愤之情：
春愁难遣强看山，
往事惊心泪欲潸。
四百万人同一哭，
去年今日割台湾。
《马关条约》割地面积之大、赔款之多大大超过了当年的《南京条约》，引起了白鸦片战争以来清朝统治集团内部的最大震惊和痛心，连在疆臣中很有影响的洋务派头面人物刘坤一和张之洞也激起爱国良知，上书朝廷要求废约再战。