顺治帝亲政后，尽管岁数还不算大，但在朝臣的辅佐下，其政绩还是不错的，虽然没有把国家治理得国富民强，但基本上还是做到了兴利除弊。其实在历史记载上，有关他治理国家的部分并不占主导，更多的还是他个人生活的记录。顺治帝的家庭生活并不是甜蜜和谐的。当时，顺治帝虽然只有14岁，但却过早地走入了男女两性世界，那时候的人结婚都比较早，尤其是帝王家，顺治帝也不例外。
顺治八年(1651)八月十三日，在北京的紫禁城里，大清帝国举行了入关以来的第一次皇帝大婚。
顺治帝的皇后博尔济吉特氏，不仅聪明机智，还是出了名的美女，而且出身高贵，是蒙古科尔沁卓礼克图亲王吴克善的女儿，孝庄皇后的娘家亲侄女，顺治帝的亲表妹。按理说，顺治帝的这门婚姻，不仅门当户对，还是亲上加亲的“姑表亲，辈辈亲”。然而出人意料的是，在两年后，顺治帝与这位年轻漂亮的表妹皇后，不仅反目成仇，还搞起了分居生活。
顺治十年(1653)的一天，顺治帝令大学士冯铨等人查找前代是否有废皇后的先例，尽管没有说明什么原因，但是，其用意已经很显然，那就是要废掉现在的皇后。朝臣闻讯，百般劝阻，顺治帝主意已定，并不更改，手谕“无能，故当废”。群臣见此，皆议论纷纷。礼部员外郎孔允樾上奏顺治帝：
皇后正位三年，未闻失德，特以“无能”二字，定废嫡之案，何以服皇后之心？何以服天下后世之心？君后犹父母，父欲出母，即心知母过，犹涕泣以谏，况不知母过何事，安忍缄口而不为母请命？
朝廷重臣的惶恐沉痛之论，于纸上很是动情，看得人不禁眼泪汪汪的。但此时的顺治帝不为其所动摇，并严厉斥责道：
朕纳后以来，缘志意不协，另居侧宫已经三载。从古废后遗议后世，朕所悉知。但势难容忍，故有此举。
尽管顺治帝如此表白自己废后的决心，但仍有14名御史再次恳请顺治帝收回成命，并建议：皇后仍位中宫，可以新立东、西两宫。顺治帝虽然不同意，但是苦于群臣的苦谏，也不好强硬下旨，一时还真没有了办法，只是有些郁闷，后又生病。孝庄太后见此，不仅同情，更为担忧，在心里掂量了很久，侄女与儿子相比，还是儿子更重要，于是，降懿旨，令朝臣重新讨论此事。顺治帝用健康做代价，终于获得了母后的支持，取得了最终的胜利。
顺治十年(1653)八月二十五日，顺治帝谕令礼部：
自古立后，皆慎重遴选，始可母仪天下。今后乃睿王于朕幼时因亲订婚，未经选择，宫阃(捆)参商，已历三载，淑善难期，不足仰承宗庙之重。谨于八月二十五日奏闻皇太后，降为静妃，改居侧宫。
顺治帝的意思是说，自古以来，选择皇后这件事情，都需要仔细认真挑选，才能真正达到母仪天下的目的。现在的皇后，是多尔衮在我小的时候，因为她是亲戚的关系而指定的，我没有经过选择。我与皇后的关系，是水火难容，谁也不理谁，如此已经三年了，她的品德难以恢复，不能肩负起祖宗给予的对后宫全面负责的重任，在八月二十五日，我已经把此事告诉了皇太后，将皇后降为静妃，令其居住在别的宫殿里。“宫阃”，原指后妃居住的卧室，这里则是指顺治帝与皇后的夫妻感情；“参商”，“参”、“商”是天上的两个互相不能碰见的星星，参星出来的时候，商星则正好沉没，彼此谁也见不到谁。这里是指顺治帝与皇后的关系，已经水火不相容。“宫阃参商”这句话则是说，顺治帝与皇后夫妻关系不和睦，根本不可能在一起生活了。
顺治帝为什么这么痛恨自己的表妹皇后呢？
根据顺治帝的言语以及后来为董鄂妃所写的《行状》分析，他之所以执意废掉皇后，有五大理由：