除了零星地屠杀功臣，朱元璋还制造了两起堪称杰作的集体大屠杀。一起是胡惟庸案。胡惟庸本系朱元璋的老乡，所谓淮西勋贵之一，相当于汉光武的云台二十八将。洪武十三年，朱元璋突然宣布胡惟庸权力过大，权力过大就可能要谋反，而谋反是大逆不道的，既然大逆不道，自然只有死路一条。胡惟庸被赐死也罢，株连者更多达一万五千人，其中包括名列开国功臣之列的二十二名公侯级显贵。朱元璋的亲家，也是元老级的李善长也在案中，朱元璋法外施仁，以功大不问。但时过十年，朱元璋还是放不下杀机，又穷究胡惟庸案，将李善长等一万五千余人处死。这时，李善长已经七十七岁了，在朱元璋手下干了整整三十九年。要说他造反，不要说天下人不相信，恐怕朱元璋自己也不会相信。
胡惟庸案之后，朱元璋又炮制了蓝玉案。蓝玉本是常遇春部将，屡立战功，曾大破北元军队，俘虏过北元的侯王及公主、嫔妃等，朱元璋将他比做卫青、李靖。洪武二十六年，天下已然太平，是杀走狗的时候了。锦衣卫的一名中级军官离奇地指控蓝玉谋反，朱元璋对此不查不问，吩咐立即把蓝玉下狱，迅速地处以灭族，受牵连而死者二万余人。
杀了蓝玉，朱元璋下诏说：“蓝贼为乱，谋泄，族诛者万五千人，自今胡党、蓝党概赦不问。”其实早已不用再皇恩浩荡，尽赦罪人了，因为此时“元功宿将相继尽矣”。
如果说朱元璋大杀功臣还可以用忌讳功臣们反叛来做说辞的话——事实上这种可能性几乎没有，历代开国功臣，设若不是皇帝将他们逼得走投无路，还真没几个造反的——那么有时候他的杀人只能用人性的阴暗和对残忍的热爱来解释。
《明良记》中记载：“高皇帝(指朱元璋——引者注)尝欲食汤饼，光禄寺上供，治具不精，多所诛戳。因言往时入一山寺中，僧进汤饼甚佳，今竟不能致。马后闻之，乃亲制数盘，极粗粝，以献帝，帝一时食尽，后问何如，帝曰佳甚，后曰，往时入山寺，乃当困乏时，食物觉美。今富有四海，锦衣玉食，餍饫之余，顾以口腹枉害人命乎！遣使寻山寺僧问法，乃以嫩鸡作粉搜面为之，使复命，尽戳寺僧。”
仅仅因为吃一汤饼，竟然就大动杀机，光禄寺负责伙食的人被杀了，山中的和尚也都被杀了。这种干法，就是春秋时那位厨子没把熊掌炖好而砍了厨子手的晋灵公也干不出来，却出自一位被正史赞为“尊崇正学，加恩胜国，澄清吏治，修人纪，崇风教”的有明君之称的帝王之手。面对他那一长串极尽歌颂的谥号“太祖开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高”，真叫人不寒而栗。
比这更能看出朱元璋阴暗心理的还有更精彩的个案。据说朱的元配夫人马皇后的脚很大(想来也正常，朱元璋所娶之妻原本不过是凤阳一村姑嘛)，这本不是什么太丢人的事，可朱元璋大概由于出身寒门，因此特别在意别人的评论，以至发展到了神经质的疑神疑鬼的程度。《凤凰台纪事》中云：“元宵都城张灯，太祖微行至聚宝门外，见民间张一灯，灯上绘一大足妇人怀一西瓜而坐。上意其有淮西妇人大足之讪，乃剿除一家九族三百余口，邻里俱发充军。”
就像阿Q忌讳别人说他是秃头一样，朱元璋虽然在开国之初尚公开承认他出身低微，后来却对出身变得极为敏感。洪武二十九年，杭州府学教授徐一夔的贺表中有“光天之下，天生圣人，为世作则”之语，本是对朱元璋的马屁之语，但这回马屁拍到了马腿上，朱元璋龙颜大怒，处死了这名倒霉的小官。按朱元璋的另类解读，“生”者，僧也，“光”者，指剃发也，“作则”则为做贼，是讽刺他年轻时既当过和尚，又做过小偷。