根据考古实证，李毓芳得出结论：阿房宫前殿遗址，就是两千多年以前秦始皇想要修建的阿房宫遗址。阿房宫没建成，在土台子上没有发现火烧的痕迹——红烧土。项羽火烧的是咸阳宫，而不是阿房宫。
说项羽没有烧阿房宫，不仅在百姓中反响强烈，在考古界也引起震动。之后全国文物工作会议在广州举行。当时有两个专家说没发现火烧痕迹，是因为农民平整土地时，把红烧土给拉跑了。有人说了这样的话，李毓芳睡不着觉了，血压也升高了。
她说，因为他们是长辈，我尊重他们，但他们脱离考古一线时间太长了，离实践太远，说出来的话不合乎常理。我尊重长辈但绝不迷信权威。我不怕你是谁，真理只有一个。
她所面临的压力和困难远不止这些。比如，西安以前曾搞过一次阿房宫遗址考古，他们得出的结论是10.84平方公里。李毓芳得出的结论是2.4平方公里。她写出阿房宫考古报告报上去了。当地有的领导看到了，说这阿房宫考古，怎么把阿房宫给搞没了？下面的工作人员迫于压力，建议李老师能不能“修改”一下？她把考古报告发给考古网，只提了一个要求：一个字也别改。结果，只改了俩标点，全文发表。
这就是李毓芳的性格。
在有些人看来，这可能有点儿“不近人情”。但她唯一忠诚的就是科学，是真理。
她在台湾辅仁大学讲座时，有个学生提问：您考古得出这个结论，得到谁承认了？她说我不管谁承认，我只知道我是通过调查、钻探、考古，实事求是得出的结论。至于改不改历史教科书，那不是我管的事。
让她深感欣慰的是，中国社科院历史所编辑出版的最新历史书《中国通史读本》已经采用关于阿房宫没建成、没被烧的结论。国家文物局已经通过了“关于阿房宫遗址的保护规划”。确定了遗址范围，才能确定保护范围嘛。这等于国家正式承认了她的考古成果。正在规划建设的阿房宫遗址公园，仅土台子上面的拆迁就涉及4个村子，台子外边还有呢，这是个不小的工程。“人造景观”被拆除理所当然，能够还阿房宫本来面目，我们觉得，多年的付出，值了!
关于阿房宫的读音
记者：我们上中学或读古典文学的时候，老师教的发音是阿(e)房宫，您为何主张读阿(a)房宫？
李毓芳：陕西是块神奇的土地，不仅地下文物遗存丰富，而且，在民间也是保留中国古代文化比较多的地方，当地人说话，秦调秦腔，保留了很多古汉语的读音和语法习惯。比如，站直了，他们叫“站端”；快跑，他们叫“跑快”；环城路叫“绕城路”……
在阿房宫遗址东北边一公里的地方，有一个村子叫阿房宫村，这是在宋代以后出现的村子，当地人的发音叫阿（a）房宫村，简称阿房村，不说阿（e）房村。而且，旁、方、房，在西周和春秋战国时期，是一个读音，属同音字。我想，这种民间口头语言的世代相传，是有根有据的，显示了古代汉语读音的生命力，应该入乡随俗，跟着陕西的农民叫阿（a）房宫。所以，我一直叫阿（a）房宫。至于读者采用哪种读音，自便吧。我只是说出自己的见解，这是我的责任和义务。
为什么说阿房宫没建成
记者：您得出阿房宫没建成的结论，有充分的考古实证，但我想请您用通俗的语言，告诉读者为什么说阿房宫没建成？
李毓芳：先给读者普及一点儿考古知识吧。古代建房子跟现在不一样，现在是先围一圈儿墙，在墙里盖房子。但是在战国、秦朝是先建主殿，然后再建配殿、宫城，最后再建整个大城。秦始皇为什么要建阿房宫？当时他嫌咸阳城太挤、太小，要在“渭河以南上林苑”建阿房宫。为什么选这儿？上林苑在战国时期就是国家公园呀，面积非常大，后来汉武帝又给扩大了，有2000平方公里，风景也优美。在阿房宫没有修建以前，渭河以南整个一大片地方已经有了很多建筑，这些建筑是上林苑的一部分。秦始皇在上林苑里面找了一个高地，向西南发展，欲建阿房宫。