然而，矿石开采还在继续，遗址保护危机尚未过去。
1999年12月底，省文化厅向省政府提交了“关于三明万寿岩旧石器时代洞穴遗址保护有关情况的紧急汇报”。
2000年1月1日，时任代省长习近平作出重要批示，明确指出：保护历史文物是国家法律赋予每个人的责任，也是实施可持续发展战略的重要内容。万寿岩旧石器时代洞穴一直作为不可再生的珍贵历史文物，不仅属于我们，也属于后代子孙，任何个人和单位都不能为了谋取眼前或局部利益而破坏全社会和后代的利益。
他要求，“三明市政府立即采取有效的安全防范措施，加强对洞穴遗址群的保护；协调、帮助三明钢铁厂尽快在异地选定新采矿点，做到保护文物和发展生产两不误”，同时，决定由省财政拨款50万元，用于遗址群的考古发掘和保护工作。
时隔不到一个月，1月25日，习近平在省人大常委会《关于依法保护三明万寿岩旧石器时代洞穴遗址的意见》上再次批示：“省政府高度重视三明古代遗址保护，已于去年底专题协商，做出初步保护安排。请省文化厅进一步提出全面保护规划和意见。”
习近平批示后不久，三钢马上落实，以大局为重，全面停止了在万寿岩的爆破开采，异地选定了新的采矿点，而用别处的矿石，每吨成本要高出15元。
“矿石易找，文物难求。当年领导能舍弃一时经济利益，毅然决定支持保护遗址，没有惊人睿智和长远战略眼光，是不可能做出这样的决策的。”王远林感叹。
此后，万寿岩遗址保护工作提速，并取得重大进展。2001年3月，万寿岩遗址被评为“2000年度全国十大考古新发现”，6月跻身全国重点文物保护单位之列。
如今，经历了纷繁喧嚣的万寿岩归于平静。2013年12月，国家文物局正式将万寿岩遗址列入国家考古遗址公园立项名单，目前正在推进建设工作。
在省长任上，虽然谋发展抓建设等工作极为繁忙，但习近平对文化遗产保护仍然高度重视，并经常关心过问。
上世纪90年代末，“奇秀甲于东南”的武夷山开始申报世界遗产。时任省委副书记习近平十分关注申报的进展，并积极协调推动有关工作。
1999年12月1日，武夷山正式被联合国教科文组织列入世界自然和文化遗产名录，实现了我省世界遗产零的突破，时任代省长习近平致信祝贺。
世界遗产，既要利用，更要保护。申遗成功后，为“双世遗”立法提上议事日程。2001年9月29日，时任省长习近平主持召开省政府第34次常务会议，审议了有关武夷山“双世遗”保护的条例。此后，经多次修改，《福建省武夷山世界文化和自然遗产保护条例》于2002年5月31日经省九届人大常委会第三十二次会议审议通过，自2002年9月1日起施行。
如今，每年都有数百万中外游客畅游武夷山，领略世界遗产奇秀风光，感受厚重历史文化。
继武夷山之后，我省又有福建土楼、中国丹霞（泰宁）荣登世界文化遗产、世界自然遗产名录。此外，我省申报的海上丝绸之路、闽浙木拱廊桥、鼓浪屿、三坊七巷、闽南红砖建筑等5个项目，已被列入《中国世界文化遗产预备名单》。
福建省文物局副局长舒琳介绍，目前，我省已有国家级重点文物保护单位137处291个点，省级重点文物保护单位674处，形成了国家、省和市、县(区)三级文物的有效保护体系。此外，近年来在涉台文物保护、传统村落整体保护利用及大遗址保护等方面，福建也是成果喜人。
建章立制：为留住文化根脉奠定法制和制度基础，让文化遗产保护有法可依、有序推进
古希腊哲人亚里士多德说：“人们为了活着而聚集到城市，为了生活得更美好而居留于城市。