顺治十四年、十五年之交，顺治下令废除清帝(后金汗)于元旦亲诣堂子行礼的满洲旧制；命将包括太庙牌匾在内所有坛庙门上匾额，停书蒙古字，只书满字和汉字；拟对来朝蒙古王公减少赏赐。这些举措对满蒙关系产生了影响，也使孝庄等老一辈满蒙贵族的自尊心受到严重伤害。同时，也为皇贵妃董鄂氏同以蒙古族后妃为中坚的后宫成员相处进一步制造了障碍。
在孝庄母子的矛盾中，被动卷入的董鄂妃率先成为牺牲品。她采取种种委曲求全的做法，甚至以损害自己的健康为代价，但仍难以换得孝庄等人的理解，无法改变自己在后宫的尴尬处境，更无法缓和皇帝与皇太后的利益之争。十五年正月，董鄂妃之子卒。十七年八月，董鄂妃病逝(追封皇后)。顺治为此痛不欲生，一度竟有出家之念。十八年正月，他出天花病逝。临终前，同意孝庄等人主张，以年仅8岁的第三子玄烨为继承人，是为康熙帝。
顺治死后，清廷公布的遗诏历数其14条重大失误，如“纪纲法度、用人行政，不能仰法太祖、太宗谟烈”；“渐习汉俗，于淳朴旧制日有更张”等等。顺治去世前染患痘疹，高烧不退，精神恍惚。这些自责之辞不可能是他本人所言，而是体现出孝庄等人对他的评价。一位死去的皇帝受到如此评价，而且主要出自其生母之意，此亦为中国历代封建王朝所仅见。
早婚早育子女多早夭
顺治病逝时，不满23周岁，以寿命论，在清朝十二帝中排在倒数第二位，仅居同治帝(19岁病逝)之上。可是，他有后妃32人，人数之多在清帝中居第三位，仅次于在位61年、享年69岁的康熙帝(后妃55人)和在位60年、享年89岁的乾隆帝(后妃41人)。
顺治从大婚到去世，计9年零5个月。在此期间，先后与妻妾生育皇女6人，皇子8人。此外，还有养女3人。清朝皇子平均寿命32.60岁。顺治皇子的平均寿命25.75岁。8位皇子中，有4人在8岁以前早卒。清朝皇女平均寿命22.87岁。顺治皇女的平均寿命10.17岁。6位皇女中，只有庶妃杨氏所生第二女长成下嫁，受封和硕恭悫长公主。其他5人在8岁以前早卒。
顺治早婚早育。他的14个子女，全部出生在10年(顺治八年14岁至十八年24岁)之内；其中6个女儿，出生在5年(顺治九年15岁至十四年20岁)之内。
我们将清朝前期8位皇帝分做四组，即第一组努尔哈赤与皇太极父子，第二组顺治与康熙父子，第三组雍正与乾隆父子，第四组嘉庆帝与道光帝父子。如果以顺治的生育情况为参照，将四对父子首次生育后十年内的生育状况及其子女存活率做一对比，便可看出：四组中，只有第二组(顺治、康熙帝父子)首次生育年龄最低(均为14岁)，平均每年生育次数最高(分别为1.4次、1.5次)，子女存活率最低(分别为36%，33%)。
努尔哈赤、皇太极、雍正、乾隆、嘉庆、道光，都是在步入青年(17岁)以后，方有生育行为，子女成活率相对较高。他们所处环境各有不同，却有一点相一致：在首次生育后的10年内，6人尚未即帝(汗)位(乾隆帝略有不同)，其生育行为都相对比较节制。顺治、康熙父子虽是少年，已在帝位，对他们构成威胁的宗室(如摄政王多尔衮)、权臣(如辅臣鳌拜)均已无存。至高无上的地位和权力，宫女、太监陪伴身边的宫廷氛围，为他们过早的生育行为提供了便利，结果也导致所育子女成活率很低。
几点思考
去世前一年，众臣奏请为其画像，遭到顺治拒绝。他说：“今边烽未熄，四海疮痍未起。朕无德而功不逮，生民如此，乃写形传世，徒贻臣民羞，故不欲也。”总体来说，顺治具有忧患意识，励精图志治理国家。但是，他的后宫生活是个悲剧，并因此缩短了他的生命历程，使他无法大展宏图。缺少一位封建君主在治家中应具备的能力、策略和心胸，没有处理好后宫成员之间复杂多变的利益关系是主要原因。