但这本书的“结论”很快就被推翻了。日本战史研究家板仓由明经过细心比对，发现田中正明整理出版的这本书，与《阵中日志》原稿有至少600多处删改，是一部“伪作”。“否定派”造假出丑，其论调受到强烈冲击和更多质疑。
但就在“否定派”阵脚不稳之时，“肯定派”内部也出现了分裂：一派坚持屠杀人数在十万人级以上，也就是“大屠杀派”，另一派则相信屠杀人数只在万人级别，甚至是千人级，即所谓“屠杀少数派”。“百人斩”论战中的记者本多胜一、史学家洞富雄属于前一派，他们结成“南京事件调查研究会”；板仓由明、秦郁彦则属于后一派，他们与旧陆军人员组成的偕行社展开合作，征集南京大屠杀的证人证词。
1989年，“屠杀少数派”出版了《南京战史》一书，第一次刊载了偕行社收集的证人证词，承认至少有1.6万名俘虏在南京被集体屠杀。比起中国方面认定的遇难人数30万，这只是一个小数目，但“大屠杀派”主要代表、日本都留文科大学教授笠原十九司表示：南京大屠杀“有”还是“没有”的论战，是时候画上句号了。
换句话说，如果此时此刻还有人要否定南京大屠杀，那要么是读书太少，要么就是动机不纯了。
既然南京大屠杀毋庸否认，那接下来日本国内的主要争论焦点，就集中在屠杀遇难者准确人数上了。承认南京大屠杀发生过的日本“肯定派”内部，“大屠杀派”认为死难人数在“10万级别，20万以内”，“屠杀少数派”的史学家秦郁彦提出“4万上限”的观点，最保守的板仓由明则认为在“2万以下”。
因为遇难人数的估计与“30万”有或多或少的出入，中国国内舆论往往将日方的“肯定派”成员，与态度死硬的“否定派”放在一起强烈批判。
《南京暴行》风波再起
1997年，记者出身的美籍华裔女作家张纯如写成《The Rape of Nanking：The Forgotten Holocaust of World War II》（《南京暴行：二战中被遗忘的浩劫》）一书。书的副标题特地用了“Holocaust”（大屠杀、浩劫）一词，在英语世界里，这个词马上会让人联想起二战中纳粹德国对犹太人的种族屠杀。
很明显，张纯如不仅将论战从中日两国扩大到国际范畴，也把这场屠杀从民族矛盾上升到了人类惨剧的层面。