必须说明，尽管张纯如耗费多年，做了大量调查，搜寻到很多宝贵的文献资料，但她毕竟还不是严格意义上的历史学家。作为一本研究现代重大历史事件的著作，《南京暴行》一书写作上有些过于感性，严肃的历史考证有时退居次席。感人至深的主题及内容叙述，让本书登上畅销书排行榜，却也因为史料方面的硬伤使作者受到批评。
《南京暴行》刚一出版，大屠杀“肯定派”历史学家秦郁彦便直接指出，该书中有11张照片为“伪造”，“大屠杀派”的笠原十九司、本多胜一读完该书，也表态希望张纯如将书中失误之处加以修正。
而“否定派”干将东中野修道（日本亚细亚大学教授）迅速出面指责称，张纯如这本书，仅前面64页里就可找到不下90个史实错误。随后，东中野又出版了《南京屠杀的彻底检证》一书，针对支持南京大屠杀存在的史料，几乎逐条反驳一遍，沉寂多时的“否定派”着实雀跃了一番。
东中野修道的主要论调是：日军在南京确有杀戮俘虏的行为，但他宣称，杀俘是为了清除便衣士兵，在当时中日两国尚未正式宣战（编者按：太平洋战争爆发后，1941年12月9日，国民政府正式对日、德、意宣战）的状态下，不违反国际法原则。
至此，日本的南京大屠杀“否定派”悄悄转移了重心，从否定大屠杀的史实，转为否定“违反国际法”。2001年，日本法学家佐藤和男出版著作《南京事件与战时国际法》，里面甚至提到：日本在攻陷南京时，并没有加入1929年在日内瓦缔结的《关于战俘待遇的公约》（又称日内瓦第二公约），不杀俘虏的规定不适用于中日两国。
逆流顺流
战后日本长期由倾向保守的自民党执政，但日本学界、舆论界却往往是左翼占上风。比如率先刊发本多胜一揭露日军在华暴行专栏的《朝日新闻》，政治立场上向来就是中间偏左，标榜进步、自由，带有强烈的左派国际主义观点。正是这些左翼媒体与学者多年来不断地研究、传播，才使日本当年的战争罪行得以被更深入地揭露出来。
但近两年来在一些微妙的政治气氛左右下，日本舆论界的左翼力量有所弱化。
比如2014年年初，曾公开否认南京大屠杀的作家百田尚树，居然出任了日本放送协会（NHK）的经营委员；8月份，《朝日新闻》宣布为上世纪90年代，一篇强征慰安妇的“错误报道”致歉。