近年来，由于受流感爆发的威胁，各国对该类疾病高度重视，资金投入也大幅度增加。然而，竞争的增加和市场的商业化成为流感疫苗市场是否能保持这一增长势头的关键挑战因素。监管机构对新技术限制成品差异化方面持谨慎态度，尤其是在美国这一关键市场。更好的老年型疫苗和快速而又灵活的生产技术是目前流感疫苗市场最关键的缺口。
备受考验的流感疫苗市场
流感疫苗市场是一个备受考验的市场，主要有以下几个原因。其中一个原因是流感疫苗产品需要每年进行更新，其从生产到发运期间间隔仅为短短6个月。生产的延迟以及产量的减少都有可能导致销售收入和市场份额的减少。此外，由于受到季节时令和流感高峰期等诸多因素的影响，市场对季节性流感疫苗的需求随时都在变化，而且很难预测。同时，疫苗供应以及公众对疫苗接种意识等方面的变化也使得该市场变化莫测。以上这些因素使得生产厂家难以制定生产计划。而流感高峰期的疫苗市场就更难预测，这几乎完全取决于政府储备和合同供应。
历史上，流感疫苗市场有过明显的波动期，尤其是在美国市场。 2008～2009年，美国仍然是全球最大的流感疫苗市场，其市场份额占据了前七大市场的40%。在上世纪70年代，至少有10家美国公司生产流感疫苗，后来由于FDA监管力度的加大，以及与其他制药领域相比流感疫苗行业的投入产出太小，到了2002年美国市场还剩下3家制药企业生产流感疫苗，分别是惠氏、安万特-巴斯德（已兼并为赛诺菲-巴斯德）、PowderJect（已被诺华并购）。在2003 年，惠氏公司停止了自己的流感疫苗产品，把重点转移到MedImmune公司（现为阿斯利康公司的一部分）的流感疫苗鼻喷剂FluMist的市场销售，但惠氏最终还是在2004年离开了流感疫苗市场。
有两个因素促进了美国流感疫苗政策的改变，一个因素是2004年以来由H5N1型禽流感病毒带来的流感爆发的威胁。 其二，由于美国凯龙（先前的PowderJect）公司中断了流感疫苗的生产，2004～2005年美国的疫苗供应出现了短缺。随后美国政府开始将巨额收入用于本国流感疫苗工厂的建设，目的是改变疫苗从欧洲生产企业进口的现状。而且，美国政府的另一项措施也激发了流感疫苗市场的迅速增长，该政策建议至2009年将超过85%的美国人纳入季节性流感疫苗的接种范围。随着这一系列“又推又拉”政策的出台，改变了先前疫苗行业无人问津的局面，同时吸引了众多的疫苗开发商，建立或扩大在美国流感疫苗市场的商业范围。葛兰素史克和CSL分别于2005年和2007年进入该市场，到2009年美国流感疫苗的供应商增加到5个。市场的领导者为赛诺菲-巴斯德。
然而，普通民众对疫苗的需求却与供应商对市场的预测不符。疫苗供大于求的问题已经在过去的流感季节中凸现。
差异化产品抢占市场份额
流感疫苗的商业化是刺激该市场增长的又一重要原因。价格是调节市场的杠杆，流感疫苗市场也不例外。流感疫苗的价格从上世纪90年代每剂低于2美元到2007年每剂高达12美元，再到2009年价格下滑到平均每剂8.60美元。商家们为了逆转价格下降的势头，弱化了流感疫苗作为免疫接种的基本商品属性，纷纷采用新的技术提供具有差异化的产品从而提高自身产品的市场份额。
通过佐剂增加疫苗的免疫活性是提高该领域效益的关键技术之一。流感疫苗领域最关键的优势之一是减少有效免疫接种所需的抗原量，减少需要加强免疫接种的频率，提高早期免疫应答和免疫功能不全者的应答成功率。这个所谓的“剂量分配效应”有利于增加疫苗的剂量，尤其是在流感爆发期，工厂产能受限无法满足市场需求时。另外一个优势是，疫苗佐剂有可能提高老年人对疫苗的免疫活性，目前的疫苗在这一点还很欠缺。诺华和葛兰素史克在流感疫苗佐剂技术上的研究处于最先进的地位，目前欧盟已经批准了两家公司的水包油型及乳液型佐剂MF59和AS03。然而，该新型佐剂在美国的批准却遇到了困难，FDA对该新型佐剂采取保守的态度，因为它们的长期安全性还缺乏数据证实。目前甲型H1N1流感的爆发，使得佐剂疫苗再度得到重视，几个国家已经投资储备大量的佐剂疫苗，对于佐剂疫苗优势的临床研究已经启动。然而，非佐剂甲型H1N1流感疫苗已经在临床中显示出良好的免疫应答活性，所以至少在控制H1N1流感爆发的早期，美国政府不会考虑使用佐剂甲型H1N1流感疫苗。