导致女性不孕的第三位原因是内分泌异常。在这些内分泌异常中，有多囊卵巢综合症、闭经泌乳综合征、低雌激素血症、Kallmann综合征和促性腺激素缺陷等。尽管病理生理机制复杂，但最终都是卵巢内的卵细胞无法成熟或者无法排除而不孕。此外，其它内分泌器官的异常如甲状腺、肾上腺以及胰岛素分泌的异常，也可以导致女性不孕。内分泌异常的患者，多数需要经过相应的内科治疗而受孕，部分需要手术，少数患者需要在辅助生育技术帮助下获得妊娠。
生殖器官的畸形如子宫纵膈、斜膈、或者生殖道的肿瘤如子宫肌瘤等，在某些情况下也可以引起不孕，但这些异常都可以通过手术矫正，使子宫恢复正常后也是可以受孕的。卵巢上的囊肿和良性肿瘤如畸胎瘤，卵巢旁的囊肿如输卵管系膜囊肿，也会影响输卵管卵巢的功能，在手术切除或矫正后，多数会很快受孕。但输卵管感染结核后形成的不孕症，治疗上十分麻烦。现在这个病在城市已经很罕见，但在农村尤其是贫穷的地方，还是不少的。即使将结核治愈了，部分患者也难以受孕。辅助生殖技术对这些人的帮助也似乎不大。
在放开二胎生育后，有些以前接受过输卵管绝育术的妇女，现在也有强烈的生育愿望。一般而言，结扎的输卵管吻合后，多数患者可以再次生育，但是如果结扎的输卵管产生了积水，复通后的输卵管功能恢复起来有点困难，其输卵管即使复通了，但由于积水的那段输卵管内的纤毛受到破坏，缺乏蠕动功能，还是会导致不孕。这类患者年龄一般较大，生殖能力较低。因此，一旦决定再次生育，在试孕期过后，应该及时接受辅助生育技术。
免疫因素引起的不孕，是少数女性不孕的原因。女性体内可以产生抗磷脂抗体(APA)、抗核抗体(ANA)、抗DNA抗体等，这些抗体存在于不同的组织内，属于非器官特异性抗体。临床上对这类抗体的检测技术比较成熟，临床资料比较丰富，因此，学术界对这些抗体的作用了解得相应较多。而另外一些抗体如抗精子抗体(ASAb)，抗卵巢抗体(AOVAb)、抗子宫内膜抗体(AEMAb)和抗绒毛膜促性腺激素抗体(AhCGAb)等，是针对某一特点器官或者组织的，属于器官特异性抗体。其抗原成分复杂，检测标准化程度低，与不孕症的关系还有很大的不确定性。因此，这类抗体阳性的女性，其实没有必要很担心。
对于免疫因素引起的不孕，应该针对不同的抗体采用不同的方法，以减少抗体的产生。如连续使用避孕套6-9月，和/或服用抑制免疫系统的药物，使女性身体在这段时间内不接触抗原，从而降低抗精子抗体的浓度；使用宫腔内人工授精技术，以排除宫颈粘液中抗体对精子的阻隔作用等。
最后要谈的是不明原因的不孕症。这类患者男女双方都没有问题，或者说查不出原因。由于原因不明，治疗就比较麻烦，一般要通过辅助生殖技术予以解决，但我见到过1例患者，夫妇双方的精子和卵子就是不结合，在培养皿内也无法授精。好在这类患者非常罕见。