焦占军不以为然。“我们和闫亚平是承包关系，即使存在偷税行为，我最多负的也是领导责任。”他告诉记者。
2000年12月28日，安国市国税局以其认定的偷税额减去多交税款和已补交的20万元款项，出具了税务处理决定书，责令大仁药业补交税款158万余元，并加收滞纳金127万余元。焦占军那辆象征身份的红旗轿车随后被扣押。
焦占军终于急了。他一纸诉状递至保定市中级人民法院行政庭，状告安国市国税局不执行国家税法。但未及立案，这次起诉就被保定市国税局调解下来，红旗轿车被归还了。
“为什么他们不敢对簿公堂？因为他们没有执行国家税法，按照国家税法规定，增值税以商品增值部分乘以17%计算，而安国当地当时却有一条‘土税法’,即只要使用票据，不管是否增值，国税局和地税局都分别要收取票据数额1%的税款。”焦占军告诉记者，这也是闫亚平为何要开具“大头小尾”发票的原因，“增值税是逃不了的，要逃的是‘土税法’”。
在最后的判决里，国税局的这份处理决定书，被认定“适用法律错误”。
突如其来的偷税罪
焦占军以为事件就此平息，却未想这只是开始。
时隔半年，2001年7月3日，安国市公安局、检察院以税务局的处理书为依据，突然将焦占军刑拘，同年8月批捕。10个月之后，安国市检察院以涉嫌虚开增值税发票罪对大仁药业、焦占军和闫亚平提起公诉。
法庭上焦占军辩称，闫亚平和安国市中药材供销公司签有承包协议，因此闫亚平的犯罪行为与大仁药业和焦占军没有关系。未想同为被告人的闫亚平却否认说，她并没有与焦占军签订承包协议，协议上的签名不是她写的，对检察机关指控的罪名没有异议。
2003年1月，安国市法院最终以偷税罪一审对大仁药业判处罚金366万余元，追缴违法所得183万余元；判处焦占军有期徒刑4年，并处罚金183万余元；判处闫亚平有期徒刑3年，缓刑3年，并处罚金178万余元。
宣判后，焦占军上诉到保定市中级法院，中院以事实不清为由撤销原判发回重审。
重审中，焦占军提供了17份总额169万元的税票，称是大仁药业应抵扣而未抵扣的税票。他提出，北京同仁堂给大仁药业的货都是带税商品，大仁药业在购货时已经按价税付款，有这些发票证实。
大仁药业从同仁堂购入货后，以低于进货价卖出，并未增值，不产生增值税。焦占军向《法制日报》记者解释说，因为我国对中成药的市场价有统一规定，因此大仁药业在与同仁堂的合作中都是将中成药以低于进货价赔钱销售，然后从草药方面盈利以弥补亏空。
幸运的是，法院在最终的判决中确认了这169万元税票是大仁药业在购货时按票上价税付款；而不幸的是，这仅被作为“从轻处理的情节予以考虑”。
2003年7月20日，安国市法院将焦占军的刑期改判为有期徒刑3年，缓刑4年。罚金和违法所得未作变动。
此时，焦占军被拘押已经2年零17天，患上了糖尿病、心脏病等多种严重疾病。在缴纳了7万元的保证金后，他被从看守所里放出来。他告诉记者，躺在看守所里，他唯一的信念就是：“我一定要活下来。”
8年申诉终获清白
在重获自由后的第三天，焦占军拖着病体开始了申诉、上访之路。在此后的8年中，焦占军变卖了所有家产，鼓动全家人四处举债，成了上访专业户，而案件也经历了多番轮回。
2003年11月26日，在多次前往河北省反映情况后，时任省人大内司委主任看到了他的材料，并批转省高院立案庭庭长查复，后又批转至保定中院，中院转到安国市法院立案复查。此后多年虽时不时有一些好消息出现，但没有丝毫实质性进展。