在其人生最为“锋利”的阶段，王澍的事业却遭遇低谷。1988年，从南京工程学院硕士毕业的王澍因为“觉得工科建筑教育太没意思、太保守”而到中国美院“办建筑教育”，却不承想并没当成老师，反而进了美院的公司。
“实际上当时的条件不成熟，因为那时中国的艺术界可以说对建筑完全不了解，也没有什么强烈的愿望。人们以为当时是工科系统不想要美术学院办建筑系，实际上恰恰相反。我当时来美院的时候这里叫环境艺术系，也是为了办建筑教育办起来的，但没办成，就办了环境艺术系。即使是这个系，也是当时建设部和工科系统强烈要求美术学院办起来的。他们也觉得工科的系统有些问题。但美术系统呢，不愿意，觉得这是建设部的事，不是文化部的事。”王澍说。
他很快因美院公司的工作太过“没意思”而主动失业。有将近六年的时间，王澍成了一个没有工资、没有社会和医疗保险的“自由人”。他在西湖边长坐一整天，或者与建筑工人们一起做工的岁月，是妻子、同为建筑师的陆文宇靠一个人的工资养活了一家人。
当然他也偶尔接少许工程赚钱。“主要做的是装修类，但是我按建筑方法做，因为我对装修其实不感兴趣，那纯粹是一种商业方式。”这期间的主要作品为浙江美术学院国际画廊、丰乐桥地下通道、孤山艺术家画廊等，均已被拆除。
1995年，王澍前往同济大学建筑系攻读博士学位。他在2009年与诗人陈东东的对谈中解释读博的动机：“不光是为了进入建筑教育系统，而且更是想回到正常的社会系统。”也是在读博士期间的1997年，王澍与妻子陆文宇成立“业余建筑工作室”。
2000年，博士毕业后的王澍正式进入中国美术学院工作，同期完成了他的第一个主要作品—苏州大学文正学院图书馆。在这个作品中，他“离经叛道”的思想开始走向实践—由山走到水，四个散落的小房子和主体建筑相比，尺度悬殊；水中还有一座亭子般的房子，是“诗歌与哲学”阅览室—对环境的密切关注成为贯穿王澍建筑哲学的核心。如何让建筑自然地存在于“山”和“水”之间而不突出，以及苏州园林的造园思想是他设计这座图书馆的沉思背景。2004年，王澍凭这个作品获得中国建筑艺术奖。
“我对学生们常说的有三句话：在作为一个建筑师之前，我首先是一个文人；不要先想什么是重要的事情，而是先想什么是有情趣的事情，并身体力行地去做；造房子，就是造一个小世界。”近几年，王澍痴迷于“造园”，每年春节都带着学生看园子，“在这个浮躁喧嚣的年代，有些安静的事得有人去做，何况园林这种东西。”
但就在王澍开始探讨园林，并将中国传统融入建筑设计的时候，曾一度被同行们指责为“背叛了现代建筑”。“有关我的争议一直没有停止。”在媒体见面会上，王澍毫不讳言。他的确算是中国建筑界的“异类”，“我必须从拆迁、超级建筑以及快速致富的中国建筑系统中逃离开，我想那个系统太强大了，让人不舒服”。
或许正是因为这种逃离，王澍的建筑作品走了一条截然不同的路。“王澍的作品扎根本土并展现出深厚的文化底蕴，他证明了中国的建筑不全是平庸的批量生产和张扬设计的复制。”或许，本届“普里兹克建筑奖”唯一的华人评委张永和的评价词，再好不过地概括了王澍的道路。
王澍最为著名的设计作品之一“宁波博物馆”，其设计灵感是在凌晨三点“幡然醒悟”。“我要让普通老百姓知道，他们生活的城市曾经是什么模样。”那一夜，他的设计图一气呵成。这个样子古怪的现代设计让人回想起中国古代的要塞。这座博物馆建在了日新月异的宁波城中心，王澍使用的技术是如今成为他个人标志的“瓦爿墙”—这种技术来自宁波地区的民间传统建造，使用回收旧砖瓦进行循环建造。