汉献帝自东归洛阳后，虽穷迫不堪，但天下军阀还真有人惦记他，袁绍的谋士与曹操的谋士都想到了东周战国时代的“挟天子以令诸侯”的政治攻略。而且袁绍谋士比曹操谋士想的还早，只可惜袁绍怕皇权限制了他的霸权，而不敢迎献帝；而曹操想的是利用皇权来扩张自己的霸权，实现自己事实上的皇权。所以曹操后来居上，于公元196年奉迎献帝于许昌，改许昌为许都。
汉献帝让人同情还在于他不甘于当傀儡，但又没有得力朝臣相助，相助的都无济于事反惹宫祸。
自曹操于洛阳迎献帝去许都直到曹操去世这二十几年间，汉献帝基本处于被软禁状态。但汉献帝刚到许都时已16岁，并不甘于自己当傀儡被软禁一生的命运，更看不惯曹操那副倨傲的样子，也不甘于皇权的失落。因而曾经多次策划过谋杀曹操夺回皇权的计划。史载一次是在献帝到许都的第二年，也就是他18岁那年。汉献帝用血写成诏书藏在衣带里，以赏赐名义密召国舅董承入宫，希望车骑将军董承、偏将军王服、越骑校尉种辑等人诛除曹操。这董承很想奉旨除掉曹操，但谈何容易？商量来商量去，终于走漏了消息，董承与参与者等人均被曹操杀害。汉献帝也遭罪了。董承的妹妹董贵妃正怀有身孕，曹操非要杀掉不可，献帝怎么求情，但还是被杀掉了。还有一次是献帝的伏皇后策划的。伏皇后名伏寿，父亲伏完是汉灵帝的女儿阳安公主的驸马；八代祖上伏谌曾任汉家大司徒，为世袭不其侯。伏完为桓帝时的侍中。汉献帝西迁长安，伏寿才进入宫中册封为贵人。后立为皇后。伏完被任命为执金吾。
这伏皇后大抵女人心细。在长安董卓死后，其部将李傕劫持了汉献帝。后来在大臣们的策划下，乘夜间逃出长安，被李傕一路追杀，献帝身边人马被打败，在陕县弃车渡河而走，所以宫人大臣都步行。不久，李傕等率兵追来。可是伏皇后手中还抱着好几匹织布，生怕不知流落何处衣食不给，以防窘困。但车骑将军董承一见大怒，命手下孙徽以刀相逼，要她把布扔掉。她仍不肯，便把她的一个侍者杀掉，血迸了她一身，才吓得把布放开。后来终于摆脱了李傕的追兵，由陕西辗转逃到了河南的安邑。在那里真是让伏后料到了。皇帝衣服破旧没有换的。没粮吃，只靠大枣栗子一类东西充饥。后来又跑回洛阳，照旧衣食无着，随行大臣得挖野菜充饥竟有饿死于途的。后来直到曹操迎往许都，才算安定下来。这时，献帝封伏完为辅国将军，给予三公的礼遇。但伏完却因为曹操专政，又自觉因亲而任，所以辞去此官，而去任中散大夫、屯骑校尉一类较低的职位。这伏完十余年后去世时却惹出了大麻烦。人们在清理遗物时发现一封信。这封信非同小可，乃是伏皇后前几年写给伏完的，希望伏完能够诛除曹操。因为伏皇后亲眼目睹了曹操强行杀害董贵人的惨状，很怕自己也同样下场，因此请父亲除掉曹操。想不到的是伏完既无此胆又无此能，远不如那位国舅董承。但偏偏他又不把此等超级绝密的信件烧掉，反而保存起来，结果让曹操知道了。曹操大怒，代献帝起草了一道废掉皇后的诏令，逼献帝废后。并派心腹御使大夫郗虑，尚书令华歆两人，持令率兵入宫宣诏废后捉人囚禁。伏皇后吓得藏到宫中的间壁墙内，可是身为尚书令的华歆竟然亲手去把伏皇后拉扯出来，牵往宫外。当时献帝正在外殿与郗虑对坐。伏皇后披头散发连鞋都被拖掉了，光着脚从献帝身边走过，哭着对汉献帝说:“你就不能救我一命吗？”可是汉献帝却说:“我自己都不知道命丧何时。”想来路人有难亦当援手相救，更何况是自己的妻子？献帝又无力地对郗虑说道:“郗公，天下还有这样干的吗？”也许献帝还存有一线希望，毕竟他是皇帝，可是郗虑根本不理他。伏皇后终于被禁闭在冷宫，四面门窗都封闭上，活活被闷饿而死。曹操又派人下毒把伏皇后所生的两个皇子毒死以绝后患。伏皇后的兄弟、族人被诛杀者一百余人。因皇后的母亲是桓帝的公主，因而共有19人与这位老公主被流放到长城脚下的涿郡了事。这是公元214年的事。