接着，蒋介又写了一封手谕给石觉说:“想起各运舰(凡已到舟山群岛附近者)灯火必须一律管制与熄灭灯光，千万注意实施为要。”
5月12日，蒋介石着手布置“撤退”来台湾后军队驻地的安排。5月13日，蒋介石又给“空军副总司令”王叔铭、“海军第二舰队司令”黎玉玺、“浙江省主席兼舟山群岛司令”石觉写手谕，指示定海国军撤退要领。同时，他将撤退的宣传要旨编写为:“必须集中全力，确保台湾，巩固此唯一反攻之基地，故必须放弃海南与定海各岛，方能加强台防，以免备多力分，重蹈过去之覆辙。”
5月14日，蒋介石又写手谕给王叔铭、郭寄峤，指示撤退要旨及密语表。这时，他接到郭寄峤报告说，舟山海面连日浓雾，天候不佳，接运部队的船舰无法预定位置，撤退行动尚未展开。蒋介石心中慌乱，在日记中写道:“乃知昨今二日定海浓雾，运舰不能行动，而且接运各舰多未到达，以事前禁止各舰通电，故其多在何处，亦不得而知。得悉此息，无任忧虑，此乃天时变化，不及预料之事，奈何。”
5月15日，蒋介石因为“昨日定海浓雾运输舰艇不能进出港口，大部分船舰且未到达”深感忧虑，据说一夜没合眼。天一亮，他赶紧命令桂永清与柯克火速乘飞机飞往定海督导运输，以免贻误。到了晚上，蒋介石又召集周至柔、沈昌焕、陶希圣、张其昀、侯腾、蒋经国、黄少谷、吴国祯、王世杰等研讨定海撤退的“宣传计划”。
5月16日晚间，蒋介石按照此前制定的“宣传计划”，在台湾广播电台宣布“撤离舟山”并解释“原因”，还提出了“一年准备，二年反攻，三年扫荡，五年成功”的口号。5月18日，蒋介石又让宋美龄前往基隆慰问由定海“撤退”来台之官兵，“至夜始回”。
其实，早在5月15日，我三野司令员陈毅电示第七、九兵团:“舟山守敌在我军的威迫之下有逃窜的可能，必须立即摸清虚实，采取行动。”当晚，侦察兵连夜过海侦察，证实了陈毅的判断。三野于16日立即发出全线攻击的命令，解放军兵分三路进入舟山。据记载，部队进入定海县城及沈家门镇时，正值5月17日凌晨。除了一些在道头一带欢迎的人群外，大部分的居民还在睡觉。部队不叫门、不进民房，在外面廊檐下休息。由于渡海作战的供应困难，各部队进岛时，都吃着自带的干粮。解放军良好的纪律和艰苦朴素的作风，与当时的国军形成巨大反差，使民众极为感动。同年7月，解放军淞沪警备区九十八师派出部分兵力，分头攻占大小洋山、泗礁、嵊山、枸杞等岛，岛上的残余海匪，或缴械投诚，或全部被歼。至此，舟山群岛全部解放。整个战役共歼国民党军8900余人，缴获各种炮83门，枪支3209支(挺)，电台16部，汽车22辆，击沉、击伤敌舰各1艘。(新华网)