蒙古人对当时金朝政权下的北京城也进行了残酷的洗劫，每次攻下城后烧杀达几个月之久，完全抢劫破坏后才撤离。公元1215年，成吉思汗攻陷金国都城中都（也就是现在的北京），对城中居民进行了长达一个月之久的大屠杀，超过100万人为此殒命，北京这个两三千年的古城完全消失，现在的北京没有任何元代以前的建筑，就是这个原因。
在元代以前，中国大的民族在中原有一大分支是羌族，羌族最大的一支党项族，作为中国一个很有影响的民族就是在西夏时被蒙古人灭绝的。现在有些姓党的人就是党项族人后裔。公元1227年，屠夫铁木真发泄兽欲时，被西夏妇女咬掉了'小弟弟'而最终恶贯满盈于六盘山。其后，他的继承者实现了对西夏的征服。出于报复，将西夏境内的居民尽数屠戮。仅西夏都城兴庆府（今银川）就有超过80万的居民被屠杀，党项民族也从此灭绝于中华大地。从此羌族在中国历史上不再有影响力。
元代蒙古人建立横跨欧亚大陆的蒙古大帝国时，连年征战，频繁征兵，能征善战的契丹族人被征召殆尽，契丹人投靠了蒙古部落，随战争分散到各地，在征讨大理的时候发挥了很大的作用，有很多契丹人后来就定居在了云南。还有些契丹人就是现在的达斡尔人，他们就是的契丹人后裔。这就是契丹人为什么消失的历史之迷。
蒙古人灭花剌子模，屠寻思干（撒马尔罕）城约百万人口；灭西夏，屠八十余万。蒙古人数次西征，凡遇有抵抗，立即屠城，共屠数百城。整个中亚一片废墟。1258年，旭列兀（拖雷的儿子，忽必烈的兄弟）的蒙古铁骑攻陷巴格达，大屠巴格达居民。据说120万人死于屠刀下，以至底格里斯河、河水为之一片血红！巴比伦人惨遭灭绝。蒙古人的征服过程中，灭国无数，这场屠杀是如此的酷烈，许多民族被斩尽杀绝，从而使他们彻底的湮灭于人类空前的兵凶中，典籍上对他们也只留下了只言片语的记载。
1279年，元军与宋军在崖山展开了最后的决战。混战几天后，宋军不支，张世杰与陆秀夫决定撤退。只是，宋军的船队被元军冲散，陆秀夫不愿被俘虏，眼含泪水背着小皇帝跳海自杀，此后，残余的宋军、官员及家眷也纷纷跳海殉国（史载：有数万之众殉国），至此，南宋彻底灭亡。当时灭宋的汉奸张弘范在崖山大石上还刻有十二个大字：
镇国大将军张弘范灭宋于此.
不过现在多出的两个字，就是后人加上去的"汉奸"二字。
汉奸张弘范还写过一首诗："磨剑剑石石鼎裂，饮马长江江水竭。我军百万战袍红，尽是江南儿女血"。这也说明了当时战况和屠杀的惨烈。
遗落在福建一带的南宋遗民，他们的后人就是现在的闽南客家人。
蒙古兵所到之处，想尽一些办法把当地人口杀干净。除了直接屠杀，还焚烧所有的粮仓和房屋，使得逃走的百姓在冬天冻死，践踏破坏农田和灌溉系统，使得当地人以后完全没有食物来源而饿死。用腐烂的尸体去污染水源，使得大量人口饮水后染上疾病而死亡。把老百姓赶到海里淹死。有些地方有幸存者，那是因为蒙古军队人少，一时找不到他们，或者是急着要出征别处，即使没有来的及杀完，也就出征了，一点也不能说明那些屠夫有半点残余的良心。被屠杀城市的幸存者也住不满城市一角。根据蒙古征服前和征服后人口数量推测蒙古人至少杀了多少人。很多中外历史学家推测，中国北方至少有80%人口在蒙古入侵时死于非命。成吉思汗的有句名言："男子汉人生最快乐的事，就是杀人性命，夺尽其所有财产，使其根绝，令其亲属痛哭，再奸淫其妻女"。蒙古帝国在中国境内的种族灭绝，作为世界记录放在《吉尼斯世界记录大全》1985年版。
那些来自蒙古的征服者似乎不认为在自己统治下的老百姓是人，他们甚至经常考虑把这些占地方的家伙都杀掉，然后把土地用来放牧（元史）。中国人甚至连姓名都不能有，只能以出生日期为名，不能拥有武器，只能几家合用一把菜刀，汉人村里新媳妇的头一夜一定要给蒙古保长。在这种淫威下，汉民族有了一次大规模的向东南亚的外迁。