1998年3月5日，境外的“东突”恐怖组织“东突民族中心”用炸弹袭击中国驻土耳其伊斯坦布尔总领馆。
1998年4月7日，“东突”恐怖组织在叶城县公安局负责人、县政协副主席和喀什地区行署副专员住宅门前等处，连续制造8起爆炸事件，炸伤8人。
1998年5月23日，“东突解放组织”成员在乌鲁木齐市华都商厦、大西门、河滩路布料批发市场、长征旅社批发市场、红山木材市场、乌鲁木齐旅社、商贸城等繁华场所放置了40多枚化学自燃纵火装置，制造了15起纵火案，由于及时发现和扑救，才未造成重大危害。
1999年8月23日，以牙生买买提为首的十余名“东突”恐怖分子闯入喀什地区泽普县波斯喀木乡派出所指导员胡达拜尔迪·托乎提家中，将胡和其儿子杀害，然后纵火，致使胡妻被烧成重伤。
1999年10月11日，3名恐怖分子在和田市棉麻公司棉花收购站棉花堆中安放定时爆炸引燃装置，烧毁棉花约2吨。
1999年10月24日，“东突”恐怖分子袭击泽普县赛力乡公安派出所，枪杀2人，枪伤2人。派出所10间房屋、1辆吉普车和3辆摩托车被烧毁。
2000年3月，“东突解放组织”在吉尔吉斯斯坦枪杀了拒绝与其合作的吉尔吉斯斯坦“维吾尔青年联盟”主席尼合买提·波萨科夫。
2000年5月，境外“维吾尔解放组织”，为筹集资金，在吉尔吉斯斯坦绑架了一新疆商人，勒索10万美金，并杀害了该商人的侄子，之后又纵火焚烧了比什凯克中国商品市场。5月25日，“东突”恐怖分子袭击了新疆人民政府赴吉尔吉斯斯坦处理纵火、绑架案的工作组，造成1人死亡、2人受伤。行凶后，恐怖分子潜逃至哈萨克斯坦，并于同年9月，在阿拉木图市杀害了2名调查此案的哈萨克斯坦警察。
2001年2月3日，“东突”恐怖分子杀害喀什地区疏附县法院干部买买提江·亚库甫。
2001年8月，“维吾尔圣战组织”使用自动武器袭击新疆库车县公安局，库车县公安局党委书记兼局长陈平牺牲，另有7名公安人员受伤。在瑞士的“东土耳其斯坦信息中心”发言人迪里夏提宣称此事件的目的，是对此前新疆自治区领导人向香港商人访问团承诺“在新疆投资不会受到民族问题影响”的回应。
在此期间，“东突”恐怖组织为了培训骨干，还在新疆境内一些偏僻地区建立秘密训练基地。如1990年“伊斯兰改革者党突击队”在叶城县伯西热克乡建立了训练基地，该基地先后举办3期训练班，共培训了60余名恐怖分子，训练内容包括宗教极端主义和恐怖主义理论，爆炸、暗杀等恐怖活动的技能，体能训练等。就是这些经过训练的恐怖分子参与了1991年至1993年在新疆各地的爆炸、暗杀、抢劫等重大恐怖活动。
1998年2月，境外“东突厥斯坦伊斯兰运动”头目艾山·买合苏木派遣数十名恐怖分子入境，在新疆和内地一些偏僻地方建立了10多处训练基地，共对150多人进行了爆炸技术培训。同时按照境外提供的配方，大量购置化学原料，秘密制造炸药和爆炸装置。新疆警方于1998年9月在乌鲁木齐火车北站一仓库里，一次就缴获制爆化学原料20多种300多箱，总重量达6吨。除了上述比较集中的培训外，还有大量零散的，3至5人一组的小训练点。一些训练点同时也是武器、弹药和爆炸装置的制造窝点。新疆警方在打击恐怖活动过程中，查获了许多地下恐怖训练点和武器弹药制造工场，收缴了大量的手雷、手榴弹、雷管、枪支、弹药等。
1999年，境外“东突厥斯坦伊斯兰运动”派遣的恐怖分子在新疆和田地区7个县市建立数十处秘密训练基地和制造爆炸物的据点，制造了大量武器弹药。仅被警方缴获的手雷就有4500多枚，各种枪械98支以及大量制造工具等。