1999年12月30日，警方在泽普县波斯喀木乡查获一恐怖分子设在地下的制造爆炸物的窝点，缴获一批等制造工具、图纸以及已制成的手雷等。
2000年2月25日，警方在莎车县卡琼乡三村抓获7名“东突”恐怖分子，并在一恐怖分子家里的地道缴获手雷38枚，电雷管22枚，爆炸装置18个，炸药17千克，拉火管20多个。
2001年8月，警方在库车县乌尊乡色根苏盖提村一恐怖分子家中的地道发现制造武器弹药的各种设备，并缴获了61枚爆炸装置。
境外的“东突”恐怖分子还走私偷运武器入境，以武装境内的“东突”恐怖分子。1998年4月6日，在霍尔果斯口岸海关与边检部门就在羊毛集装箱中查获军用手枪6支、折叠冲锋枪1支、子弹1.9万发、手雷90余枚。据抓获的罪犯供认，他们是受境外“东突国际委员会”和“东突解放组织”的指派，在此前已有过17次偷运武器弹药入境。
大量血的事实证明，“东突”分裂组织为了达到分裂祖国的目的，所采取的恐怖暴力手段，以极其残忍的手法滥杀无辜，无论从什么角度看都是名副其实的恐怖组织。
中国政府的态度
长期以来，特别是20世纪90年代以来，在中国境内外的“东突”分裂组织为实现其建立所谓“东突厥斯坦国”的目的，策划、组织和实施了在中国新疆和有关国家的一系列爆炸、暗杀、纵火、投毒、袭击等恐怖暴力事件，严重危害了中国各族人民群众的生命财产安全和社会稳定，并对有关国家地区的安全与稳定构成了严重威胁。
中国政府绝不会对“东突”恐怖活动坐视不理。2001年10月11日，中国外交部发言人孙玉玺在新闻发布会上，首次提及“东突”分子的恐怖活动。孙玉玺透露，中国政府已有确凿的证据证明“东突”分子参与了恐怖主义活动，他们与国际恐怖组织相互勾结，在中国境内和境外制造了多起爆炸、暗杀、投毒、绑架和抢劫等暴力恐怖事件，造成大量无辜平民的死伤和财产损失，这些恐怖活动在中国广大民众当中引起了公愤。不仅对中国，而且对整个地区的安全与稳定构成了威胁，中国将同国际社会一道共同反对包括“东突”恐怖势力在内的一切恐怖主义活动，以维护地区和世界的和平与安定。中国政府表示严厉打击恐怖主义活动这一社会公害，不应有双重标准。
2001年10月19日，欧洲议会不顾中方的多次严正交涉，允许“东突”分子在议会大厦内举行有关“东突”研讨会，公然为其提供活动的场所，中方对此表示强烈不满和愤慨。在国际社会加强反恐怖合作的情况下，“东突”企图改头换面，以人权、民主、维护少数民族权利掩盖其恐怖组织的本质，继续从事分裂中国的活动。无论其手法如何变化，其恐怖组织的性质是改变不了的。
2001年10月在上海举行的APEC会议上，中方与到会各国就反恐问题达成共识，对“东突”恐怖组织予以谴责。APEC会议结束后，中国根据中美峰会达成的共识与美国开展情报交流，并将为进入阿富汗的美军提供后勤援助。必要时，解放军的特种部队也将对流窜于中阿边境的塔利班及“东突”恐怖分子进行打击。中国和美国的反恐合作，意味着中国将打击“东突”恐怖主义活动纳入到国际反恐斗争大潮之中。这是打击“东突”恐怖分子的历史转机。
10月24日，据中新社报道，中共新疆维吾尔自治区委书记王乐泉在中共新疆维吾尔自治区第六次代表大会上称，新疆将加大“严打”斗争力度，对民族恐怖势力始终保持“严打高压”态势。对民族分裂主义骨干分子、宗教极端势力为首分子和暴力恐怖犯罪分子进行坚决有力的打击，确保新疆长期稳定和发展。