在《故国人民有所思》一书中，触目皆是这类例子。大学共同体本来是一个以学术权威为中心的礼治共同体，然而运动颠覆了原本的共同体秩序，不断鼓励学生向老师挑战，青年教师向老一辈学者发难。冯友兰的发言被年轻人一再打断，还被指着鼻子警告：“我提醒你注意”如何如何。北大化学系傅鹰教授身为副校长，但在系里得不到尊重，化学系总支屡屡向傅鹰挑衅，试图在人事、学术、教学上由总支独揽大权。傅鹰伤心地说：“青年老年之间这几年伤了感情，过去我们对学生真是用心，现在感情大不如以前，年轻人对老教师也毫无感情，双方如此，自然不易搞好。”
在意志上被迫接受思想改造，并不意味着知识分子在理性上没有自觉的成分。之所以如此，乃有其复杂的思想脉络和历史语境。中国知识分子对新政权的认同，有三个不同的层面，第一是政治上接受新政权；第二是思想上接受新的国家意识形态；第三是学术上接受马列主义方法指导。在第一个政治层面，可以说大部分留在大陆的知识分子都对新政权有所期待。原因无他，乃是他们太痛恨腐败的国民党，共产党初入城时所带来的新气象，让许多知识分子都欣喜不已，对新政权有好感，产生了政治上的认同。《故国人民有所思》中有一篇谈的是著名史学大师陈垣。北平和平解放前夕，南京政府三次派专机接他南下，这位辅仁大学校长就是不走，他说：“我是抱着怀疑的心理要看一看，到底什么原因共产党能打败国民党的几百万军队？这一定有个道理。”如同陈垣一样，不少有理性自觉的知识分子对新政权背后的意识形态充满好奇之心。北平刚刚和平解放不久，清华的一些教授自动组织起来，学习自己所陌生的马列主义。陈垣在1949年之后的积极态度，包括批判学术上的老友胡适，连胡适在美国都感到诧异，认为是被逼的。其实，未必没有自觉的成分。到1958年，陈垣老先生以七十八岁的高龄申请入党，引起知识界轰动，成为思想改造成功的标杆性人物。他有一句经常被统战部门的工作报告引用的名言：“过去几十年自己太无知了，恨自己接触党太晚了。”
在思想层面，虽然大部分知识分子都是广义上的自由主义者，但近代中国的自由主义不是洛克、哈耶克那一路的古典自由主义，而是结合了社会主义理念的新自由主义或社会民主主义。在意识形态层面，他们不论在理想境界还是现实问题上，对新民主主义、社会主义乃至共产主义理想并非完全疏离，相反倒具有某种亲和性。许多知识分子愿意慢慢接触和了解新国家意识形态，虽然在学术层面他们还想保持自己的独立和自由。
不过，群众性运动疾风骤雨，如何等得了知识分子的自觉转变？一万年太久，只争朝夕。顾颉刚抱怨说：“本年三反、五反、思想改造三种运动，刚无不参与，而皆未真有所会悟。所以然者，每一运动皆过于紧张迫促，无从容思考之余地。刚以前作《〈古史辨〉自序》，是任北大助教六年，慢慢读、慢慢想而得到的。因为有些内容，所以发生了二十余年的影响。今马列主义之精深博大，超过我《古史辨》工作何限，而工作同志要人一下就搞通，以刚之愚，实不知其可。”
思想改造运动自有从延安开始的一套办法，理解要转变，不理解也要转变。这就是向知识分子大喝一声：你的立场站错了！从儒家士大夫到近代知识分子，中国读书人都相信家国天下、士志于道，自信热爱社稷、心系黎民。两千年来，纵然读书人有百般缺点，但爱国爱民的拳拳之心，还从来没有被怀疑过。然而，在思想改造运动之中，知识分子赖以自信与自尊的基石被两种谁也不敢反对的意识形态彻底摧毁了。摆在读书人面前的，是两个非此即彼的立场选择：一个是民族主义：你是站在帝国主义立场，还是中华民族立场？另一个平民主义：你是站在资产阶级一边，还是平民大众一边？正是这一“态度/立场决定论”，从第一个回合交手，就瓦解了读书人的思想学术防线。