从英大到浙大，再到南农大
1949年8月，英大解散，由浙江大学接管，黄昌澍随之转至浙江大学新成立的畜牧兽医系工作。黄昌澍在浙江大学畜牧兽医系期间，系主任由虞振镛先生担任。虞振镛是畜牧界的老前辈，早前曾在清华、北大任教，担任过国民党实业部、农林部渔牧司司长，他非常信任和器重黄昌澍，令他一起到上海参观各大畜产品加工厂。随后，黄昌澍按照虞振镛的嘱托开设“畜产品加工学”一课，受到学生们的欢迎。
在浙江大学期间，黄昌澍一直对试验情有独钟，曾做过“受精蛋的保存”的试验，并就此发表了两篇论文和出版两本科普读物。
1952年夏，全国院系调整，中央大学和金陵大学两校农学院合并成立南京农学院，浙江大学畜牧系也随之并入，黄昌澍与虞振镛、谢成侠、杜念兴等人也来到南京农学院。到南京农学院后，黄昌澍主动担起了家畜饲养原理和乳业等课程的授课任务，而且还承担了扬州苏北农学院畜产品加工课的主讲。
1971年，南京农学院被迫迁到扬州与苏北农学院合并，改为江苏农学院。在此期间，黄昌澍主持《家畜饲养原理》讲义的编写和教学工作，他严格要求编写教师既要有新材料、新思想，又要杜绝抄袭他校交流的讲义。
编著《家畜气候学》，填补国内学科专着空白
1979年，南京农学院迁回南京，教学、科研等一切走上正轨。1980年，黄昌澍被评为副教授，1986年晋升为教授。在南农期间，他除开设给本科生的“家畜环境卫生学”、硕士研究生的“气候生理学”等课程，还由农业部特邀到西北农学院讲授“动物的行为”课。在科研方面，他主持“六五”国家重点攻关课题“提高高温季节乳牛产乳量的研究”；“七五”期间，主持国家自然科学基金资助项目“光照对水禽生产性能的影响”和国家重点攻关研究项目“中国黑白花奶牛核心群的选育”的分支课题“热应激对乳牛产乳量和乳质的影响及控制措施的研究”等。
黄昌澍除教学、科研、培养青年学子外，还不断完善知识的积累，注重科学知识的传承。黄昌澍从进入浙江大学任教开始就着手整理其教学、科研心得，参与《农事手册》的编撰工作。为了引进国外先进的畜牧科技知识，1952年寒假起，黄昌澍开始自学俄文，试译论文投稿成功，激发了他翻译的信心，接着又先后翻译出版了《家畜的放牧》和《实用养牛学》两本畜牧专业著作。1961年，黄昌澍以自己过去积累的资料和心得体会为上海科技出版社写了一本《家畜环境生理》的著作，但是因为某些原因未能出版。后来，他又编著了《家畜气候学》一书，填补了国内该学科专着的空白，并获得华东地区科技优秀图书奖。