战略方向司令部的组建，可使各军兵种和军事集群在战役-战略层次上的战场协同更为紧密，指挥员能够在更广阔的战场空间和总体上把握战区局势，做出正确指挥决策。
苏军组建战略方向司令部时曾担心总参谋部、军兵种司令部和军区之间实行协同指挥会使军事指挥体系更为复杂，实际运行状况正是这样。另外，军区的作战指挥权移交给战略方向司令部，遭到了军区所属相关人员的强烈抵触。直至苏联解体，战略方向司令部的职责关系一直没有理清，同时也未被授予过指挥全权。最终，苏军总参谋部中止了战略方向司令部的运行。
第二阶段是成立地区司令部和职能司令部阶段。俄军的第一次车臣战争失利，第二次车臣战争惨胜，与美军在海湾战争、科索沃战争的轻松取胜形成了鲜明对比，促使俄军启动了新一轮军事指挥体制改革。
俄军初始改革方案是赋予军区司令部以战役-战略司令部的职能，组建联合军事指挥机构，但未能成功，主要原因是当时没有对总参谋部进行改革，军区司令部得不到指挥权限。
2004年，俄军解除了总参谋部的大部分军事行政职能，只保留判断军事威胁、研究武装力量使用、制定战略与作战计划、组织军事演习等与作战有关的职能，将作战指挥权下放，由国防部长对武装力量实现“一长制”领导。
2005年，俄军按地区和职能筹建作战司令部，将军兵种司令部、军区和海军舰队的作战指挥权移交给地区司令部和职能司令部。军兵种司令部只负责管理、装备和训练，军区和海军舰队只承担预备役训练、动员与物资准备、领土防御与战场建设等任务。
地区司令部平时就拥有对军区辖区内各军兵种部队的指挥权，战时无需调整就可以指挥本战略方向上的作战行动。此前，军区虽然具有地区司令部的大部分职能，但仍承担着过多的军事行政职能，且只对辖区内的陆军部队拥有作战指挥权，若要指挥其他军兵种部队，仍须通过军兵种司令部和总参谋部协调。
这样，最终将形成“总统-国防部长（通过总参谋部）-作战司令部”的作战指挥体制以及“总统-国防部长-军兵种司令部”的行政管理体制，真正做到军令军政分开。
职能司令部包括战略核力量、空天防御、机动力量和战略投送司令部等。地区司令部包括西部、南部和东部等3个。
俄国防部首先就东部地区司令部进行试点，相继举行了“贝加尔-2006”、“东方-2007”、“地区-2007”、“阿穆尔”等大规模联合军事演习，检验和评估从军区制向跨军兵种联合司令部指挥体制转变的效果和可行性。
演习表明，不对国防部和军兵种司令部进行配套改革，在顶层实行真正的军政军令分开，跨军兵种联合司令部指挥体制难以有效运行。此外，地区司令部是叠加在军区之上的重复指挥机构，存在职责不清等问题。另外，作战指挥权集中于地区司令部和职能司令部，自然遭到失去作战指挥权的军兵种部队的强烈抵制。2009年，地区司令部运行中止。
第三阶段是探索成立联合战略司令部阶段。实际上，新4大军区组建前的原6大军区就扮演着地区司令部的角色，具有对辖区内各军兵种部队组成的联合部队实施统一指挥的职能。至于使用“地区司令部”还是“军区”的名称问题，俄军则认为并不十分重要，最重要的是，最高统帅部和军区之间不要出现中间指挥环节，且必须确保军区对各军兵种部队的直接指挥。
2009年，俄军举行了“秋季-2009”大规模军事演习。演习表明，军区制对俄罗斯西部和南部地区的战略任务要求有不相适应之处。俄罗斯决心对军区辖区进行调整，按战略方向组建目前的4大军区及联合战略司令部，这是俄罗斯对新的地缘战略态势、新对手、新威胁有了新认识的结果，与《2009～2011年俄罗斯军事改革规划》和《2020年前俄罗斯联邦国家安全战略》中阐述的总体国家安全构想保持一致。