联合战略司令部实质上是跨军兵种军事集群的联合指挥机构，本战略方向上军区辖区内的陆军、海军舰队、空军、防空兵甚至地方强力部门和机构都归其统一指挥。战略火箭兵和航天兵仍直属总参谋部指挥，反映出俄罗斯坚持战略遏制的国家安全指导思想。
俄军最初计划将新军区直接命名为“联合战略司令部”。经过权衡，决定暂时保留和平时期使用的军事术语——“军区”，当出现军事威胁时再更名为“联合战略司令部”。为体现目前处于过渡时期的性质，现在使用“军区（联合战略司令部）”这种叫法。
俄罗斯军区制改革的经验和教训
俄罗斯军区制改革属于触动国家基本军事体系的重大军事变革，它影响社会各个阶层，关系各军兵种部队和全体官兵，与国家和军事安全直接相关。新的4大军区（联合战略司令部）已经运行两年。在俄罗斯国内，对这项重大改革既有大力支持者，也不乏批评的声音，对它的讨论和研究一直都没停止。对俄罗斯军区制改革进行分析，其经验和教训可以总结为以下几个方面：
第一，谨慎推进。俄罗斯在各个领域的改革一贯有“大刀阔斧，雷厉风行”的风格。对于军区制改革，决心下得坚决，推进却很谨慎。多采取“先试点、再推广”的策略，配套改革紧跟，发现问题及时纠正和调整，行不通则果断中止。改革进程虽然多次受挫，但也为新军区（联合战略司令部）的组建做了体制、人员和心理上的准备。
第二，过渡机制。新旧体制交替之际容易造成指挥混乱，在军区制向跨军兵种联合司令部体制转变过程中，俄军设立了过渡机制。如俄军曾决定不再设立中间指挥层次，直接实行“总参谋部—作战司令部—旅”的三级指挥体系。但军事演习表明，难以越过集团军司令部对集团军下属部队实施有效指挥，因此集团军司令部仍被保留了下来。
第三，适应角色。联合战略司令部统一指挥军区辖区内各军兵种部队，但军区司令部传统上只懂得指挥陆军，缺乏指挥海军舰队、防空兵等其他军兵种部队的经验和军官，自身职能和角色需要调整和适应。另外，各军兵种部队指挥权移交给联合战略司令部后，各军兵种部队仍保留有自己的指挥层次，会出现官僚主义和指挥不畅等现象，也需要一个适应过程。
第四，军演检验。军事指挥体系改革过程中，苏军和俄军多次举行多军兵种大规模联合军事演习，将其作为检验和评估改革效果的最好手段，同时也是探索、验证、调整改革举措的最佳方法。
第五，协调难度。联合战略司令部还负责指挥本战略方向上和辖区内的地方强力部门及机构的部队，包括国家安全局所属边防部队、内务部所属内务部队及紧急情况部所属部队等。为有效应对已存在或潜在的军事矛盾，如武装冲突、地区性或局部战争，需要地方强力部门和机构的密切配合，协调工作量和难度均前所未有。
第六，人为阻力。机关裁撤，人员分流，权限移交，必然触动多方利益，遭遇阻力不足为奇。俄总统普京、总参谋长巴鲁耶夫斯基和马卡罗夫、国防部长伊万诺夫和谢尔久科夫在各自任上都曾推行过军事指挥体制改革，决心坚定，手段强硬，仍未得圆满，人为抵触不可小觑。目前，俄军正逐步完善配套措施并及时到位，以解决军人后顾之忧，减少改革进程中的阻力。