重庆市文物考古所近日对慈云寺进行了考古发掘，发现并调查了建筑群和僧侣墓群。
重庆市文物考古所介绍，此次考古调查发现了大型台基５进、石碑３通、各类题记８则、各类造像５尊、精美石构件９件及墓地３处。该遗址群由建筑遗址和僧侣墓群两部分组成，建筑遗址主体分布于五进建筑台基之上，分布面积约４０００平方米，顺山势逐级修成“阶梯式”平台为基础，其上建造房屋等建筑，平台以踏跺相连接。遗址上分布有前殿、大雄宝殿、观音殿以及院落等。僧侣墓群分布于遗址群北侧、西侧山坡上，由三处墓地相连组成，分布面积约７０００平方米，已暴露墓葬１００余座。形制上有石室墓、石围土塚碑楼墓及崖墓；埋葬方式上分为火葬和土葬；外观上除有墓塔外，多数墓室门楣上还有题字。
考古专家指出，综合判断，该墓群为宋代至清代慈云寺僧人墓群，其中以慈云寺住持崖墓、第五世住持墓、白杨后裔墓、净修禅师墓等为代表。慈云寺遗址群规模较大、布局清晰、保存较好，且保存有部分纪年题记、精美雕刻构件、造像等，具有较高的历史、艺术和佛教考古价值，对研究重庆地区僧人埋葬习俗、川渝地区佛教宗派的传承有着重要意义。