据宽池法师回忆，有关领导称他“理念不超前”，并称“在兴教寺下面建一个寺庙花不了多少钱”。根据该领导的构想，最终兴教寺的面貌是“只留三个塔，周围全部绿化”。
“对于兴教寺这样一个远离城市的传统寺院来说，拆除这么多建筑势必影响僧人的宗教活动，是一种浪费。”兴教寺方面在向南都记者提供的公文中如是说。
“为了环境更优美”
根据《西安市长安区丝绸之路申报世界文化遗产工作领导小组关于兴教寺塔申遗工作任务安排的通知》，兴教寺正面临历史上最大规模的拆迁。兴教寺负责基础设施建设的邢先生估算，如按照该方案进行，目前兴教寺三分之二的建筑将要被拆除。
寺院西边僧人生活区的兴慈楼、僧寮、卫生间、浴室、三藏院回廊，建筑面积共4000余平方米，将全部被拆除。其中的兴慈楼包含80多间房子。玄奘塔后三藏院的两边陪殿和垂花门都要拆除，只剩下大遍觉堂。大遍觉堂将被改为陈列室。但是大遍觉堂内供养的玄奘法师像及墙壁上玄奘生平的悬塑像要求全部搬走。
中院要拆除东西方丈、斋堂和灶房，以及闻慧堂。其中的斋堂由几万信众捐资兴建，最多可容纳600人用膳。
东院要拆除禅堂。安放兴教寺名僧常明法师灵骨的方丈楼要拆除。现在法师居住的照心楼也要拆除。
院内的石材要求全部去掉，换成固化沙石。建筑拆除的地方进行绿化。玄奘塔旁边的两块石碑，是2000年复制大慈恩寺的石碑，也要搬走。
大殿前的两块石碑，是原来国民党要员捐资兴建兴教寺的功德碑。“文革”时期，碑被破“四旧”者砸为几截。当时的寺庙住持常明法师偷偷将断碑掩埋起来，后来又拿出来重新安放。这两块碑也被要求挪走。
根据政府规划，入寺道路将设置为人行道，安装禁止车辆通行的设施，道路改造为固化沙石路。此外将建设入寺坡道栏杆及铁链，整修寺外墙体。寺院入口处、寺内的红砖及沥青地面等要按方案整治。
而寺庙拆迁的过渡经费，由长安区负责。兴教寺僧人日后将搬到该寺的下方一所新修的庙。这座规划中的庙将作为兴教寺的下院，目前所在地为两个村庄。村庄也被要求全部搬迁，其中涉及东江坡村18户人家，西韦村28户人家。
“庙里对这次申遗是支持的，但希望尽量不要动庙里的建筑格局。该庙原来是因地制宜发展的，各项功能完善，要求能不拆尽量不拆。”兴教寺官方对南都记者称。
西安市长安区民族宗教局局长张宁告诉南都记者，“兴教寺拆掉部分建筑是为了环境更优美。具体规划还没有完全定下来，正在等国家专家组认定。兴教寺要发展，对僧人工作和生活的阶段性影响有，但不是很严重。”