其一，军饷问题。
当时为了军饷问题已经发生了多次军变。宁远这样的国防第一要地，欠饷达四个月之久。袁崇焕杀了几个为首的军官，暂时平息了局势。可是军饷迟迟不到，兵士又哗变。朝廷一次又一次的欠饷，袁崇焕提出了发“内帑”，“内帑”是皇帝私家库房的钱。崇祯为此很不高兴，不愿把自己的钱拿出来，最后才很不得已的拿出钱来。(看李自成攻破北京后，府库清单所列，府库存银叁千七百万两，金数千万两，而户部仅银四十万两、捐银二十万两。可见国库之虚，而皇帝的私家库房还是很充足，崇祯很舍不得拿自己的钱出来)。
其二，议和问题。
袁崇焕罢官时候，皇太极开始自称皇帝。
袁崇焕回任之后，与皇太极开始和谈，用以拖延时间。皇太极对和谈极有兴趣，立即作出有利反应。袁崇焕提出先决条件，要皇太极先除去帝号，恢复称“汗”。皇太极居然答允。但要求明朝皇帝赐一颗印给他，表示正式承认他“汗”的地位。(皇太极一直千方百计的求和，不但自己写信给明朝边界官员，又托朝鲜居间斡旋，要蒙古王公上书明朝劝告。每一个战役的目标，都是“以战求和”。他清楚的认识到，满清决计不是明朝的敌手，明朝的政治只要稍上轨道，满清就非亡国灭种不可。满族的经济力量很是薄弱，不会纺织，主要的收入是靠抢劫。)再看一段史实记载。
《天聪实录稿》六年六月，清太宗致崇祯皇帝信：“满洲国汗谨奏大明国皇帝：小国起兵，原非自不知足，希图大位，而起此念也。只因边官作践太甚，小国恼恨，又不得上达……今欲将恼恨备悉上闻，又恐以为小国不解旧怨，因而生疑，所以不敢详陈也。小国下情，皇上若欲垂听，差一好人来，俾小国尽为申奏。若谓业已讲和，何必又提恼恨，惟任皇帝之命而已。夫小国之人，和好告成时，得些财物，打猎放鹰，便是快乐处。谨奏。”可见皇太极有相当的自知之明，用辞十分谦卑。而崇祯毫不理会，对满清始终坚持“不承认政策”，不承认他有独立自主的资格，决不与他打任何交道。既不了解形势，又妄自尊大，并且还激怒了皇太极。崇祯二年，皇太极亲自带兵，集兵十余万，避开袁崇焕防守的东路，由蒙古兵作先导，绕道西路进攻。(可见满清之入侵，不是一个山海关可以守住的)清军越叁河，略顺义，至通州，渡河，进军牧马厂，兵势如风，攻向北京。袁崇焕两日两夜急行军叁百余里，比驻军于北京广渠门外。两军在广渠门外大战，恶斗八小时，清兵终于不支败退，退了十余里。袁崇焕知道这一仗侥幸获胜，在军事上并不可取，尤其在京城外打仗，更不能贪图侥幸。他对部属说：“按照兵法，侥幸得胜，比打败仗还要不好。”袁崇焕其时因为急于救援，来的兵力较少，他想等到集结大规模兵力，再对清兵进行彻底的反击，于是他调度部分兵力深入敌后骚扰清兵，没有将所有援兵都调来守北京。本来这个战略是很正确的，皇太极这次孤军深入，已经犯了兵法大忌，按照袁崇焕的想法，完全有可能将满清部队一次性的击溃。要知道，满清根本无法承受一次这样的毁灭性打击。所以袁崇焕在等待最好的战机，等待勤王大部队的集结。就在这个时候，清兵溃败之后，心中不忿，在北京郊外大举烧杀出气。北京城的居民顾着自己身家性命，说袁崇焕不肯出战，别有用心。许多人说清兵是他引来的，目的在“胁和”，使皇帝不得不接受他一向所主张的和议。有人在城头向城下的袁部骑兵抛掷石头，骂他们是“汉奸兵”。石头砸死了几名兵士。崇祯看到袁崇焕迟迟不肯决战清兵，又听到北京城了谣言四起，忧虑重重。加上皇太极恰到好处的一个“离间计”。崇祯终于把袁崇焕下狱了。得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至芦沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。崇祯催促满桂(袁崇焕手下大将)冒险求战，满桂不得以出兵，全军覆没。祖大寿(袁崇焕手下大将)本来率军营救京城，看到袁崇焕下狱，掉头冲出山海关北去，结果又被袁崇焕修书回兵，意图打胜战立功救出袁崇焕。和清兵接战，收复了永平、遵化一带。切断清兵后路，逼迫清兵退回辽东。(袁崇焕死后，旧部祖大寿、何可纲率军驻守锦州、宁远、大凌河要塞，清军始终不能越雷池一步。)当时各地来北京勤王的部队很多。袁崇焕下狱，导致各路兵马军心大乱，再加上欠饷和指挥混乱，山西和陕西的两路援军都溃散回乡，成为“流寇”的骨干。