其时崇祯面对叁大难题。
6.1.一为内忧
李自成、张献忠屡败屡战，总是无法剿灭。而且贼是愈剿愈多。
要剿贼就要用兵，要用兵就要用钱，钱从哪里来？皇帝的办法就是加税。其时赋税已经很重，加上连年的天灾人祸，老百姓负担很重，再加税就是逼老百姓活不下去了。万历末年已加重了对民间的搜括，天启时再加，到崇祯手里更大加而特加，到末年时加派辽饷九百万两，练饷七百叁十余万两，一年之中单是军费就达到二千万两(万历初年全国岁出不过四百万两左右)，国家财政和全国经济在这压力下都已濒于崩溃。那个时候的税重到什么程度呢？据顾炎武在《天下郡国利病书·福建叁》中记载：“民田一亩值银七八两者，纳饷至十两。”当时福建的粮食亩产最多叁石(不到300公斤)，正常年景不过卖一两银子。就算福建粮价疯涨，叁石大米也不过卖六两银子。为什么会这样呢？因为私派比正赋多，暗的比明的多。据钱泳《履园丛话》记载，崇祯末年，盗贼四起，年谷屡荒，人们都以无田为幸运。明朝就出现了流民遍天下的现象。流民也要吃饭，也要活下来。
而这个时候剿贼的官兵是怎么做的呢？
明朝的郧阳巡按高斗枢在《守郧纪略》中记载了明末的情景和官军的表现。他说，崇祯十四年(1641年)六月，他奉命驻守郧阳。七月初，他从长沙动身，水路到达荆州，路经襄阳，八月初六进入郧阳。一路数百里的农田里都长满了蓬蒿，村落破败，没有人烟。惟有靠近城市的一些田地，还有城里人耕种糊口。他说，在他抵达郧阳前的十几天，左良玉率领的官军路过此地，二叁万官兵一涌入城，城中没有一家没有兵的。“淫污之状不可言”。住了几天大军开拔，又将城里所有人家清洗一空，十多天后他到了，竟然找不到米和菜。士绅和百姓见到他，无不痛哭流涕，不恨贼而恨兵。李清在《叁垣笔记·下·弘光》中说：左良玉的兵一半要算群盗，甚是淫污狠毒。每入百姓家勒索，用木板将人夹住，小火烧之，胖人有的能流一地油。他们抢掠来妇女，公然在大街上奸污。将她们拉到船上抢走时，有人望着岸上的父亲或丈夫哭泣，立刻被这些兵砍下脑袋来。左良玉的部队在明朝官军中并不是最坏的。他们烧杀抢掠，但是还能打仗，比那些见到百姓如狼似虎，见到清兵和土匪便逃跑的强多了。官军抢劫百姓，也是出于迫不得已。官府的税费一征再征，仍然严重拖欠军饷。士兵们被迫卖命打仗，却又缺粮断饷，抢劫起来自然理直气壮。明朝的官军数以百万计，便是横行天下的百万豺狼饿虎。
与官军的表现相反，李自成的军纪越来越好。高斗枢在《守郧纪略》中说：早先，张献忠和李自成每攻陷一城，就要大肆抢掠一场。到壬午(1642)夏秋，李自成和罗汝才每得一城，则改为派“贼”防守，并且严禁抢掠，以笼络民心。到这个时候，这个战自然是打不下去了。
6.2.二是外患
满清日益强大起来。
自萨尔浒之战到努尔哈赤死，明、满清间又发生过几次战役，满清先后攻取沈阳、辽阳、广宁等重要据点，从辽河以东扩张到辽河以西地区，明军节节败退。
满清继续向明进攻，在皇太极时期，清军曾四次入关攻明。
所谓入关攻明，是指清军不由山海关，而由间道越过长城，深入明之内地，大肆抢掠骚扰，削弱和消耗明朝的实力。不久，清军又取得松山之战的胜利，击溃明军十余万。
明崇祯帝即位以后，起用名将袁崇焕。皇太极见辽西方面袁崇焕坚城难攻，于是计划绕道进袭北京。崇祯二年(1629年)，皇太极亲自率军出动，以蒙古军为响导，从龙井关、大安口入塞，攻破遵化，包围北京。袁崇焕闻讯，急率锦州总兵祖大寿等自山海关疾驰入援。不久，崇祯帝杀袁崇焕。这次皇太极统兵入塞，先后攻克遵化、永平、滦州、迁安四城，于次年自率大牟退还沈阳，留阿敏等驻守关内四城。不久，关内四城被明军收复，阿敏率残兵败将逃归。