除了专业研究者，今天了解这部宋代工具书的中国人寥寥，但杜牧的诗《清明》几乎无人不知。据清华中文系教授刘石考证：《清明》最早被典籍记载，见于《锦绣万花谷》后集第26卷。当时标题是《杏花村》，作者不详。只注“出唐诗”，后来的人把此诗的作者附会成杜牧。
2012年4月，受北京匡时(微博)拍卖有限公司之邀，中国国家图书馆、上海图书馆、南京图书馆、中国社会科学院、北京知名高校图书馆的古籍学者为即将拍卖的过云楼藏书撰写论文。若干位专家以《锦绣万花谷》为题。《锦绣万花谷》确是宋刻本是所有学者的共识。
古籍界衡量“善本”书的三个原则第一是历史性，年代越早越好；第二是学术性；第三是艺术性，主要针对套印本、版画等特殊版本。雕版印刷技术在唐代臻于成熟，宋代人继承前朝技术优势，加之社会日渐富裕，学术有了长足发展。学人开始对古代文献进行系统整理、翻印。很多重要文献都是经宋人的刻印才得以保存至今。由于当时用印刷品牟利的意识还不强，宋版书的商业气息比明以后的书要小很多，且刻印精致，错误较少，较好地保证了古文献的可靠性。“宋版书”因此成为历代版本中的精品。自明末清初，“佞宋”之风越演越烈。
“全宋刻本”且集齐前后八十卷的《锦绣万花谷》因此成为此次拍卖最大的卖点。
应匡时之邀，国家图书馆研究馆员、国家文物鉴定委员会委员李致忠、中国美术学院教授范景中曾撰文，梳理《锦绣万花谷》的版本流变和学术价值：
南宋晚期学人陈振孙说它“门类无伦理，序文亦拙”。但因为实用性较强，在宋代此书便曾一印再印。
明朝人学步宋人编纂大型百科全书，并且大面积重刊宋代类书。《锦绣万花谷》在明代有三个刻本。明代《天一阁书目》、《内阁藏书目录》、清代《四库全书总目》、私人藏书家瞿镛的《铁琴铜剑楼藏书目录》、陆心源的《皕宋楼藏书志》、清末民初版本学家、金石学家杨守敬的《日本访书志》都曾提到此书。
其中《内阁藏书目录》卷四提到1536年之后，锡山人秦汴得到宋刻《锦绣万花谷》后加以翻刊。所翻刊版本前集、后集、续集各40卷，别集30卷，是《锦绣万花谷》最全的版本。杨守敬在《日本访书志》中提到《锦绣万花谷》时说是“宋椠明印本”，每半板十二行，行二十一字。此次拍卖的过云楼藏《锦绣万花谷》与杨守敬描述的版式行款完全相同。李致忠据此认为，过云楼藏本以实物说明，《锦绣万花谷》在宋代的确曾经有过十二行本系统。
一位研究古籍的学者告诉南方周末记者：“按今天的标准，哪怕一本书里有一半甚至只有几页是宋刻，剩下全是元明清递修的，也叫宋刻本。很多人说过云楼藏的《锦绣万花谷》是全宋刻的，其实大家都明白里面肯定有递修，只是谁也不说递修的程度。”
苏州文育山房旧书店店主、版本学家江澄波告诉南方周末记者：此次匡时拍卖的《锦绣万花谷》实为一部宋代残本书，80卷中有两本是明版。
撇开版本，单从学术价值考量，清华大学中文系教授刘石考证，古代目录书著述的类书有一千余种，存世至今的也有五百余种，而“在为数众多的古代类书中，《锦绣万花谷》虽然拥有一个富于诗意的名字，无论从规模还是从质量上看，并不引人注目”。
《锦绣万花谷》可以让今人一窥宋代人的知识结构，也能帮今天的学者钩沉、修订散失的古籍。但自清代以来，学者已有共识，“舛误甚多，未可全信”。《锦绣万花谷》辑录过不少宋诗，是后人选编宋诗经常借助的材料，错误不在少数，诸如把杨万里“毕竟西湖六月中”、苏辙《简寂观》谬归于苏轼等等。